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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计3‘端最后一个碱基的讨论
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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 引物设计3‘端最后一个碱基的讨论 已有10人参与

今天设计引物看了下关于3‘端的最后一个碱基，被搞乱了，感觉出来了两个结论：3端最好是GC和3‘最好是AT
第一个出处是takara的genome walking的说明书 原话是这样的：一条理想的引物应该有一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端。如果3‘稳定性强有可能在即使5不配对的情况下造成错配，形成非特异性的条带（所言之意是3‘稳定性要较弱那也就是要有A和T）
第二种说法的出处http://zhidao.baidu.com/question/345280876.html，原话是在引物设计上都不建议3‘为A和T，因为AT有两个氢键，结合力不如TC强，而且做PCR要求3‘严格匹配和稳定，最好不要连续的AT，并且最好以G和C结尾

其实最后总结是3‘到底是稳定好还是相对稳定性差一点点好，求高人指点
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1楼 2012-06-25 17:02:21
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shiliu2011

木虫 (正式写手)
个人觉得遵循3\'端结合强较好,即不要为A或T,使引物与模板稳定结合,以保证延伸的准确进行.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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5楼2012-06-26 00:33:34
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gywyl1977

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这些说法可以参考，但不必苛求。如果PCR仅仅是为了克隆目的基因，那么真正需要关注的是引物的二级结构、退火温度等等指标，要确保扩出来。
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8楼2012-06-26 08:48:15
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moqiyilei

金虫 (小有名气)
★
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其实这些都无所谓，引物质量的好坏最根本的还是发卡结构域引物二聚体，其他都是浮云。
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10楼2012-06-27 15:06:55
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主你是哪个kit？我怎么没看到那句话……我在takara的另外试剂盒上看到3’端最好是G和C，A要尽量避免。

首先：
一条理想的引物应该有一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端 ≠ 3‘端是A和T。
其次：
3‘端第一个碱基对于整条引物的特异性非常关键，一定要严格配对，并且最好是结合力强的G或者C。这个和“相对稳定性较弱的3‘末端”并不矛盾。
最后：
T在不得已时也可用用，但是A则要避免，有研究证明A出错的概率比另外三个大得多。
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xzx018
12楼2012-07-10 19:37:46
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普通回帖

547star

木虫 (著名写手)
★
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不要连续的G或C而要单独的G或C，就同时符合两个条件。
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为什么
2楼2012-06-25 21:45:42
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nemo88

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2012-06-25 22:04:01
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shiliu2011

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-27 13:36:26
个人觉得遵循3\'端结合强较好,即不要为A或T,使引物与模板稳定结合,以保证延伸的准确进行.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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鎴戜滑鎬绘槸澶繃浜庡湪涔庝竴鏃剁殑寰楀け锛屽?村繕璁颁簡鎴?闀挎�?鏄渶閲?瑕?鐨�
4楼2012-06-26 00:33:25
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wy7656

铜虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
已有研究表明 最好为AT 理由同第一出处
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6楼2012-06-26 07:26:51
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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)
楼上的结果也都不一样了，到底是哪个啊
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7楼2012-06-26 08:46:09
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weidandande

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-27 13:36:40
最好不是A，特别是连续的A碱基。至于其他的都可以，G和C由于是三键结合，更加稳定，所以G\C\T都可以，但都不应该是连续的。理论是这样，实际得操作了才知道。
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9楼2012-06-27 08:46:27
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