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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 引物设计3‘端最后一个碱基的讨论
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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 引物设计3‘端最后一个碱基的讨论 已有10人参与

今天设计引物看了下关于3‘端的最后一个碱基，被搞乱了，感觉出来了两个结论：3端最好是GC和3‘最好是AT
第一个出处是takara的genome walking的说明书 原话是这样的：一条理想的引物应该有一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端。如果3‘稳定性强有可能在即使5不配对的情况下造成错配，形成非特异性的条带（所言之意是3‘稳定性要较弱那也就是要有A和T）
第二种说法的出处http://zhidao.baidu.com/question/345280876.html，原话是在引物设计上都不建议3‘为A和T，因为AT有两个氢键，结合力不如TC强，而且做PCR要求3‘严格匹配和稳定，最好不要连续的AT，并且最好以G和C结尾

其实最后总结是3‘到底是稳定好还是相对稳定性差一点点好，求高人指点
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1楼 2012-06-25 17:02:21
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shiliu2011

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小丹木木: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-27 13:36:26
个人觉得遵循3\'端结合强较好,即不要为A或T,使引物与模板稳定结合,以保证延伸的准确进行.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2012-06-26 00:33:25
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547star

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不要连续的G或C而要单独的G或C，就同时符合两个条件。
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为什么
2楼2012-06-25 21:45:42
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nemo88

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2012-06-25 22:04:01
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shiliu2011

木虫 (正式写手)
个人觉得遵循3\'端结合强较好,即不要为A或T,使引物与模板稳定结合,以保证延伸的准确进行.

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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鎴戜滑鎬绘槸澶繃浜庡湪涔庝竴鏃剁殑寰楀け锛屽?村繕璁颁簡鎴?闀挎�?鏄渶閲?瑕?鐨�
5楼2012-06-26 00:33:34
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