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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？
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三妹妹

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？ 已有9人参与

不明白这密码子第3位是什么意思？是不是起始密码为ATG，引物3’ 端就不能是G呢？新手上路，多多指教啊！
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1楼 2010-08-18 14:19:35
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yujiaping1

木虫 (著名写手)
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看天(金币+2):鼓励分享 2010-08-19 15:57:26
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Originally posted by feiye2214 at 2010-08-18 14:42:25:

据2楼分析和你提出的问题，个人觉得是引物设计时的碱基数都不是三的倍数，这样最后的3‘端碱基就避开了哈，呵呵是不是这样的，我自己推测的啊，呵呵

好像不是这样的，就是说最后一位不要是密码子的第三位，跟是不是3的倍数没有关系
taq酶可以容忍5‘端个别碱基不配对，但是对3’端的配对要求就比较苛刻，所以如果末尾不正确，影响可能就相对大
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6楼2010-08-18 15:01:05
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zhaocy8903

木虫 (知名作家)
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看天(金币+1):鼓励讨论交流 2010-08-20 14:12:34
这个说法没有道理的
引物3端尽量选C或G到是听说过（这样配对比较稳定，有利于引发合成）
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10楼2010-08-19 15:39:02
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普通回帖

sqhnsd

金虫 (正式写手)
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amisking(金币+2):鼓励一个！ 2010-08-18 22:08:39
引用回帖:
Originally posted by 三妹妹 at 2010-08-18 14:19:35:
不明白这密码子第3位是什么意思？是不是起始密码为ATG，引物3’ 端就不能是G呢？新手上路，多多指教啊！

Crick对于tRNA能识别几种密码子的现象，提出碱基配对的“摆动学说”：
认为除A-U、G-C配对外，还有非标准配对，I-A、I-C、I-U，并强调密码子的5’端第1、2个碱基严格遵循标准配对，而第3个碱基可以非标准配对，具有一定程度的摆动灵活性。
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2楼2010-08-18 14:24:23
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三妹妹

金虫 (小有名气)
那在引物设计上来说呢？
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3楼2010-08-18 14:28:41
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feiye2214

木虫 (正式写手)
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引用回帖:
Originally posted by 三妹妹 at 2010-08-18 14:28:41:
那在引物设计上来说呢？

据2楼分析和你提出的问题，个人觉得是引物设计时的碱基数都不是三的倍数，这样最后的3‘端碱基就避开了哈，呵呵是不是这样的，我自己推测的啊，呵呵
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4楼2010-08-18 14:42:25
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feiye2214

木虫 (正式写手)
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看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-19 15:57:06
也有这样的可能，引物的第一个碱基尽量不要是序列上的密码子的第三位，因为不是严格配对的情况下，第一个碱基就不能100%配对哈
楼下高人指点
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5楼2010-08-18 14:46:45
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sqhnsd

金虫 (正式写手)
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看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-19 15:57:48
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-08-18 15:01:05:

好像不是这样的，就是说最后一位不要是密码子的第三位，跟是不是3的倍数没有关系
taq酶可以容忍5‘端个别碱基不配对，但是对3’端的配对要求就比较苛刻，所以如果末尾不正确，影响可能就相对大

我赞同你的观点，引物设计的时候3‘端是严格匹配的，所以，3’端引物序列很重要。又因为第三个密码子比较摆动，因此，设计引物的时候最好不要落在密码子第三位。
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7楼2010-08-19 14:02:05
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米菲的旋律

木虫 (著名写手)

Always Keep The Faith！
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看天(金币+2):鼓励交流 2010-08-19 15:58:08
5楼搞错了，不是引物的第一个碱基。其他人的意见可能正确。

以下来自百度：“扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。”

但我不太明白了：
1，我们PCR扩增DNA序列，用的是dNTPs，也就是ATGC的混合液，这不存在所谓tRNA的非标准配对，因为不是RNA转录，而是DNA复制。
2，tRNA上才存在所谓摆动原则吧，这跟PCR中的DNA复制有关系吗？

所以，对于我们体外扩增DNA，“引物3‘端要避开密码子第三位”这个说法，我暂时不能赞同！

求指点。
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物必先腐而后虫生
8楼2010-08-19 14:27:53
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lihaoexe

银虫 (小有名气)
★
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8楼说的有道理
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9楼2010-08-19 14:41:07
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