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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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看天(金币+2):鼓励交流讨论 2010-08-20 14:12:55
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Originally posted by 米菲的旋律 at 2010-08-19 14:27:53:
5楼搞错了，不是引物的第一个碱基。其他人的意见可能正确。

以下来自百度：“扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。”

但我不太明白了： ...

不要落在第三位是跟密码子的简并性有关的，因为简并就意味着DNA序列在第三位变异，氨基酸不会改变，这样的变异不受自然选择控制，可能就会在生物的基因组中得到保存。近缘种中，这个位置的变异相对就会大，所以避开第三位还是有一定道理的
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11楼2010-08-19 18:29:33
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米菲的旋律

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Originally posted by yujiaping1 at 2010-08-19 18:29:33:


不要落在第三位是跟密码子的简并性有关的，因为简并就意味着DNA序列在第三位变异，氨基酸不会改变，这样的变异不受自然选择控制，可能就会在生物的基因组中得到保存。近缘种中，这个位置的变异相对就会大，所 ...

我还是没看出来这跟PCR有啥关系
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物必先腐而后虫生
12楼2010-08-19 20:03:11
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richujs

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Originally posted by 米菲的旋律 at 2010-08-19 20:03:11:


我还是没看出来这跟PCR有啥关系

说的是模板会发生变化的
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思想是能力和力量的源泉
13楼2010-08-19 21:16:49
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
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看天(金币+2):在鼓励一下 2010-08-20 14:13:17
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Originally posted by 米菲的旋律 at 2010-08-19 20:03:11:


我还是没看出来这跟PCR有啥关系

基因组发生变化了，无论你是以DNA为模板，还是以RNA为模板，都会影响扩增，怎么会跟PCR不相关呢，你仔细想想，我说的是什么

摆动是tRNA在摆动不假，但是摆动造成的影响是如果基因组这个位置变异了，对氨基酸没有影响，那就不受自然选择控制，那么这样的变异就会在基因组中被保留下来，结果就会造成模板的变化，而如果这个变化落在引物的最后一位，必然对PCR影响较大
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14楼2010-08-19 22:09:43
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米菲的旋律

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Originally posted by yujiaping1 at 2010-08-19 22:09:43:


基因组发生变化了，无论你是以DNA为模板，还是以RNA为模板，都会影响扩增，怎么会跟PCR不相关呢，你仔细想想，我说的是什么

摆动是tRNA在摆动不假，但是摆动造成的影响是如果基因组这个位置变异了，对氨基 ...

原来是这样
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物必先腐而后虫生
15楼2010-08-20 17:21:43
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silicare

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这一理论完全可以忽略，密码子表就在那里摆着了，大家看看就知道了，无非就那么几种组合，怎么躲也没用
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16楼2010-08-20 18:08:02
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