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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？
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三妹妹

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？ 已有9人参与

不明白这密码子第3位是什么意思？是不是起始密码为ATG，引物3’ 端就不能是G呢？新手上路，多多指教啊！
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1楼 2010-08-18 14:19:35
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yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+2):在鼓励一下 2010-08-20 14:13:17
引用回帖:
Originally posted by 米菲的旋律 at 2010-08-19 20:03:11:


我还是没看出来这跟PCR有啥关系

基因组发生变化了，无论你是以DNA为模板，还是以RNA为模板，都会影响扩增，怎么会跟PCR不相关呢，你仔细想想，我说的是什么

摆动是tRNA在摆动不假，但是摆动造成的影响是如果基因组这个位置变异了，对氨基酸没有影响，那就不受自然选择控制，那么这样的变异就会在基因组中被保留下来，结果就会造成模板的变化，而如果这个变化落在引物的最后一位，必然对PCR影响较大
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14楼2010-08-19 22:09:43
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sqhnsd

金虫 (正式写手)
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amisking(金币+2):鼓励一个！ 2010-08-18 22:08:39
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Originally posted by 三妹妹 at 2010-08-18 14:19:35:
不明白这密码子第3位是什么意思？是不是起始密码为ATG，引物3’ 端就不能是G呢？新手上路，多多指教啊！

Crick对于tRNA能识别几种密码子的现象，提出碱基配对的“摆动学说”：
认为除A-U、G-C配对外，还有非标准配对，I-A、I-C、I-U，并强调密码子的5’端第1、2个碱基严格遵循标准配对，而第3个碱基可以非标准配对，具有一定程度的摆动灵活性。
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2楼2010-08-18 14:24:23
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三妹妹

金虫 (小有名气)
那在引物设计上来说呢？
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3楼2010-08-18 14:28:41
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feiye2214

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 三妹妹 at 2010-08-18 14:28:41:
那在引物设计上来说呢？

据2楼分析和你提出的问题，个人觉得是引物设计时的碱基数都不是三的倍数，这样最后的3‘端碱基就避开了哈，呵呵是不是这样的，我自己推测的啊，呵呵
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4楼2010-08-18 14:42:25
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