应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？
161/2返回列表12下一页
查看: 6011  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

三妹妹

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】引物设计原则说3‘端避开密码子第3位，何解？ 已有9人参与

不明白这密码子第3位是什么意思？是不是起始密码为ATG，引物3’ 端就不能是G呢？新手上路，多多指教啊！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-08-18 14:19:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yujiaping1

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+2):鼓励分享 2010-08-19 15:57:26
引用回帖:
Originally posted by feiye2214 at 2010-08-18 14:42:25:

据2楼分析和你提出的问题，个人觉得是引物设计时的碱基数都不是三的倍数，这样最后的3‘端碱基就避开了哈，呵呵是不是这样的，我自己推测的啊，呵呵

好像不是这样的，就是说最后一位不要是密码子的第三位，跟是不是3的倍数没有关系
taq酶可以容忍5‘端个别碱基不配对，但是对3’端的配对要求就比较苛刻，所以如果末尾不正确，影响可能就相对大
赞一下(3人) 回复此楼
6楼2010-08-18 15:01:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaocy8903

木虫 (知名作家)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+1):鼓励讨论交流 2010-08-20 14:12:34
这个说法没有道理的
引物3端尽量选C或G到是听说过（这样配对比较稳定，有利于引发合成）
赞一下(3人) 回复此楼
10楼2010-08-19 15:39:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

sqhnsd

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+2):鼓励一个！ 2010-08-18 22:08:39
引用回帖:
Originally posted by 三妹妹 at 2010-08-18 14:19:35:
不明白这密码子第3位是什么意思？是不是起始密码为ATG，引物3’ 端就不能是G呢？新手上路，多多指教啊！

Crick对于tRNA能识别几种密码子的现象，提出碱基配对的“摆动学说”：
认为除A-U、G-C配对外，还有非标准配对，I-A、I-C、I-U，并强调密码子的5’端第1、2个碱基严格遵循标准配对，而第3个碱基可以非标准配对，具有一定程度的摆动灵活性。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-08-18 14:24:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

三妹妹

金虫 (小有名气)
那在引物设计上来说呢？
赞一下 回复此楼
3楼2010-08-18 14:28:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feiye2214

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 三妹妹 at 2010-08-18 14:28:41:
那在引物设计上来说呢？

据2楼分析和你提出的问题，个人觉得是引物设计时的碱基数都不是三的倍数，这样最后的3‘端碱基就避开了哈，呵呵是不是这样的，我自己推测的啊，呵呵
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-08-18 14:42:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

feiye2214

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-19 15:57:06
也有这样的可能，引物的第一个碱基尽量不要是序列上的密码子的第三位，因为不是严格配对的情况下，第一个碱基就不能100%配对哈
楼下高人指点
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-08-18 14:46:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sqhnsd

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+1):鼓励交流 2010-08-19 15:57:48
引用回帖:
Originally posted by yujiaping1 at 2010-08-18 15:01:05:

好像不是这样的，就是说最后一位不要是密码子的第三位，跟是不是3的倍数没有关系
taq酶可以容忍5‘端个别碱基不配对，但是对3’端的配对要求就比较苛刻，所以如果末尾不正确，影响可能就相对大

我赞同你的观点，引物设计的时候3‘端是严格匹配的，所以，3’端引物序列很重要。又因为第三个密码子比较摆动，因此，设计引物的时候最好不要落在密码子第三位。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2010-08-19 14:02:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

米菲的旋律

木虫 (著名写手)

Always Keep The Faith！
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看天(金币+2):鼓励交流 2010-08-19 15:58:08
5楼搞错了，不是引物的第一个碱基。其他人的意见可能正确。

以下来自百度：“扩增编码区域，引物3′端不要终止于密码子的第3位，因密码子的第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。”

但我不太明白了：
1，我们PCR扩增DNA序列，用的是dNTPs，也就是ATGC的混合液，这不存在所谓tRNA的非标准配对，因为不是RNA转录，而是DNA复制。
2，tRNA上才存在所谓摆动原则吧，这跟PCR中的DNA复制有关系吗？

所以，对于我们体外扩增DNA，“引物3‘端要避开密码子第三位”这个说法，我暂时不能赞同！

求指点。
赞一下(2人) 回复此楼
物必先腐而后虫生
8楼2010-08-19 14:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihaoexe

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
8楼说的有道理
回复此楼
9楼2010-08-19 14:41:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 三妹妹 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +8 wangyl_123 2026-10-10 12/600 2026-10-13 20:40 by Merryya
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +9 Isak0320 2026-10-12 13/650 2026-10-13 11:57 by Isak0320
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +4 好运来～9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭