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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

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[交流] 引物设计3‘端最后一个碱基的讨论已有10人参与

今天设计引物看了下关于3‘端的最后一个碱基，被搞乱了，感觉出来了两个结论：3端最好是GC和3‘最好是AT
第一个出处是takara的genome walking的说明书原话是这样的：一条理想的引物应该有一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端。如果3‘稳定性强有可能在即使5不配对的情况下造成错配，形成非特异性的条带（所言之意是3‘稳定性要较弱那也就是要有A和T）
第二种说法的出处http://zhidao.baidu.com/question/345280876.html，原话是在引物设计上都不建议3‘为A和T，因为AT有两个氢键，结合力不如TC强，而且做PCR要求3‘严格匹配和稳定，最好不要连续的AT，并且最好以G和C结尾

其实最后总结是3‘到底是稳定好还是相对稳定性差一点点好，求高人指点

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1楼 2012-06-25 17:02:21

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???????:

12?: Originally posted by ???? at 2012-07-10 19:37:46
??????????kit??????????????仰????????takara????????????????3?????????G??C??A?????????

?????
?????????????????????????5???????????????????3????? ?? 3??????A??T??
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3 ...

是的，现在基本???解了，你说的是对的。我当时是一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端，把3???解为3的最???一个碱基了