引物设计3‘端最后一个碱基的讨论 - 分子生物 - 综合其他

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liuluscl

新虫 (初入文坛)

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这个看实验目的吧，做定量PCR的话最好还是at，不过也没那么死，设计了几十条，中间3‘Gc的有不少，优化下反应条件照样没问题。推荐用oligo6设计。

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11楼2012-07-10 14:47:39

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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

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楼主你是哪个kit？我怎么没看到那句话……我在takara的另外试剂盒上看到3’端最好是G和C，A要尽量避免。

首先：
一条理想的引物应该有一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端 ≠ 3‘端是A和T。
其次：
3‘端第一个碱基对于整条引物的特异性非常关键，一定要严格配对，并且最好是结合力强的G或者C。这个和“相对稳定性较弱的3‘末端”并不矛盾。
最后：
T在不得已时也可用用，但是A则要避免，有研究证明A出错的概率比另外三个大得多。

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xzx018

12楼2012-07-10 19:37:46

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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

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???????:

12?: Originally posted by ???? at 2012-07-10 19:37:46
??????????kit??????????????仰????????takara????????????????3?????????G??C??A?????????

?????
?????????????????????????5???????????????????3????? ?? 3??????A??T??
??Σ?
3 ...

是的，现在基本???解了，你说的是对的。我当时是一个稳定的5‘末端和相对稳定性较弱的3‘末端，把3???解为3的最???一个碱基了

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13楼2012-07-10 19:52:18

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yatou99

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专业: 微生物生理与生物化学

我看蒙了

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14楼2012-11-08 15:24:26

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