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正反向引物长度差别较大可用吗?
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liuyu_sdili
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正反向引物长度差别较大可用吗?
最近用primer premier 设计pcr引物,发现得分较高的几对引物正反向引物长度的差别都比较大,有的甚至能达到6个碱基,Tm值差别我控制在1度以内,请问这种引物是否可用?正反向引物之间的差别需要控制在几个碱基之内??
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1楼
2012-03-01 13:02:38
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liuyu_sdili(金币+3):
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很有帮助 恩,我也这么认为~~ 2012-03-01 14:12:51
小丹木木(金币+2): 鼓励应助 2012-03-01 17:06:37
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2楼
2012-03-01 13:10:09
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引用回帖:
2楼
:
Originally posted by
dingke_s
at 2012-03-01 13:10:09:
长度的差别觉得影响不是很大,关键是你设计的引物特异性好不好,有没有二聚体,有没有错配之类的;之前也p过两个引物长度差5、6个碱基的,反正是扩出来了。而且还有一点是这样,软件显示的Tm值和送过来的引物订单 ...
正解
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3楼
2012-03-01 21:25:54
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liuyu_sdili(金币+4): 好的,但是特异性如何,是不是需要做切胶回收?? 2012-03-02 16:32:41
我用过两个引物之间差了12个碱基,都没问题。因为两端引物是我师兄合成的,我做突变合成了中间引物,两端的我就没有重新合成了,所以第二步PCR时两个引物之间就差了很多,我的退火温度按照Tm值低的来调整,结果很好。
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悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
4楼
2012-03-01 22:47:09
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liuyu_sdili(金币+1):
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有帮助 谢谢帮助!! 2012-03-02 19:44:56
不需要切胶回收,我的PCR产物从来没做过切胶回收,一直以来都是用产物纯化试剂盒的。特异性会有所降低,但是这个要根据你的引物来判断了……
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悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
5楼
2012-03-02 17:49:58
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chuan2388
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很有帮助 好的,我试试看 2012-03-03 08:04:50
根据本人的多次实验验证,是可以的。
实验是做过了才知道,所以在不清楚的情况下,请大胆的尝试吧。
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把时间都浪费在自己身上吧!
6楼
2012-03-03 00:42:33
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fwks3518
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有帮助 那我就试一下哈 2012-03-03 14:32:57
放心吧,可用。引物长度不是引起PCR扩增的原因。
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7楼
2012-03-03 09:12:35
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liuyu_sdili(金币+1):
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有帮助 谢谢帮助!! 2012-03-04 08:28:42
没问题的,我做过一次,两个引物差50多个碱基都可以。
[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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8楼
2012-03-03 23:15:23
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小丹木木
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可用的,只要TM值不要差太多就可以了
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9楼
2012-03-04 15:28:30
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