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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

[求助] 正反向引物长度差别较大可用吗?

最近用primer premier 设计pcr引物,发现得分较高的几对引物正反向引物长度的差别都比较大,有的甚至能达到6个碱基,Tm值差别我控制在1度以内,请问这种引物是否可用?正反向引物之间的差别需要控制在几个碱基之内??
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纸船

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liuyu_sdili(金币+1): 有帮助 谢谢帮助!! 2012-03-04 08:28:42
没问题的,我做过一次,两个引物差50多个碱基都可以。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2012-03-03 23:15:23
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查看全部 9 个回答

酶切专家

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dingke_s at 2012-03-01 13:10:09:
长度的差别觉得影响不是很大,关键是你设计的引物特异性好不好,有没有二聚体,有没有错配之类的;之前也p过两个引物长度差5、6个碱基的,反正是扩出来了。而且还有一点是这样,软件显示的Tm值和送过来的引物订单 ...

正解
3楼2012-03-01 21:25:54
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuyu_sdili(金币+4): 好的,但是特异性如何,是不是需要做切胶回收?? 2012-03-02 16:32:41
我用过两个引物之间差了12个碱基,都没问题。因为两端引物是我师兄合成的,我做突变合成了中间引物,两端的我就没有重新合成了,所以第二步PCR时两个引物之间就差了很多,我的退火温度按照Tm值低的来调整,结果很好。
悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
4楼2012-03-01 22:47:09
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


liuyu_sdili(金币+1): 有帮助 谢谢帮助!! 2012-03-02 19:44:56
不需要切胶回收,我的PCR产物从来没做过切胶回收,一直以来都是用产物纯化试剂盒的。特异性会有所降低,但是这个要根据你的引物来判断了……
悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
5楼2012-03-02 17:49:58
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