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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 正反向引物长度差别较大可用吗？
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liuyu_sdili

木虫 (正式写手)

[求助] 正反向引物长度差别较大可用吗？

最近用primer premier 设计pcr引物，发现得分较高的几对引物正反向引物长度的差别都比较大，有的甚至能达到6个碱基，Tm值差别我控制在1度以内，请问这种引物是否可用？正反向引物之间的差别需要控制在几个碱基之内？？
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1楼2012-03-01 13:02:38
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酶切专家

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dingke_s at 2012-03-01 13:10:09:
长度的差别觉得影响不是很大，关键是你设计的引物特异性好不好，有没有二聚体，有没有错配之类的；之前也p过两个引物长度差5、6个碱基的，反正是扩出来了。而且还有一点是这样，软件显示的Tm值和送过来的引物订单 ...

正解
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3楼2012-03-01 21:25:54
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
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liuyu_sdili(金币+4): 好的，但是特异性如何，是不是需要做切胶回收？？ 2012-03-02 16:32:41
我用过两个引物之间差了12个碱基，都没问题。因为两端引物是我师兄合成的，我做突变合成了中间引物，两端的我就没有重新合成了，所以第二步PCR时两个引物之间就差了很多，我的退火温度按照Tm值低的来调整，结果很好。
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悠哉游哉做实验，成兮败兮我随便
4楼2012-03-01 22:47:09
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
liuyu_sdili(金币+1): ★有帮助 谢谢帮助！！ 2012-03-02 19:44:56
不需要切胶回收，我的PCR产物从来没做过切胶回收，一直以来都是用产物纯化试剂盒的。特异性会有所降低，但是这个要根据你的引物来判断了……
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悠哉游哉做实验，成兮败兮我随便
5楼2012-03-02 17:49:58
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chuan2388

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liuyu_sdili(金币+3): ★★★很有帮助 好的，我试试看 2012-03-03 08:04:50
根据本人的多次实验验证，是可以的。
实验是做过了才知道，所以在不清楚的情况下，请大胆的尝试吧。
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把时间都浪费在自己身上吧！
6楼2012-03-03 00:42:33
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