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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序回来，序列中找不到下游引物，求救啊。。。。。
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 测序回来，序列中找不到下游引物，求救啊。。。。。 已有8人参与

RT，本以为跑出来了，特别开心，因为用的是简并引物，而且简并度不算很高，换了很久的体系。
结果测序回来，只有上游引物，下游的没有，瞬间就无力了，打击有些大
和师姐分析了下，想是不是模板的问题，反转录的模板放了差不多6个月了，因为是临近暑假的时候提出来的。关于引物设计，还是打算用简并引物，各位师兄师姐能不呢给提些建议呢
我是一个刚刚接触分子没多久的菜鸟，也在看文献，可是感觉好多不懂，查了后还是有很多疑惑，不晓得该怎么办了，还有就是文献这方面看哪些比较好呢，我做的是植物基因克隆与分析这个方向
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1楼 2013-12-13 18:02:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bolysu

禁虫 (著名写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
4楼2013-12-14 09:32:32
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半生一梦

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
想学好的学渣: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-17 18:31:01
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-18 08:55:27
下游引物要反向互补一下才能找得到的吧。。。。
感觉cDNA做普通PCR的话貌似可以放很久呢
要不连载体转化下感受态再去测序试试哎 那个还是很准的
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9楼2013-12-15 13:38:35
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lm2570

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
想学好的学渣: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-12-17 18:31:18
你把下游引物反向互补后，再在所测序列中找一下，应该有了，如果没有，那你的序列可能沒测通

[ 发自小木虫客户端 ]
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10楼2013-12-15 13:42:46
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普通回帖

三蛰

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我觉得很正常……前几十个碱基测得不准。有时能够测出来，有时候会发生偏差
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我不会！
2楼2013-12-13 21:42:18
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-18 08:55:35
如果你要找测序时用的引物，很可能看不到。在靠近引物附近的干扰很大，有一二十个碱基测不出来是正常的。
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3楼2013-12-14 01:38:18
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 三蛰 at 2013-12-13 21:42:18
我觉得很正常……前几十个碱基测得不准。有时能够测出来，有时候会发生偏差

同源率只有36%最高的。。。
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5楼2013-12-14 13:15:36
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-12-14 01:38:18
如果你要找测序时用的引物，很可能看不到。在靠近引物附近的干扰很大，有一二十个碱基测不出来是正常的。

上游的有，下游没有
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6楼2013-12-14 13:15:55
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bolysu at 2013-12-14 09:32:32
看不到才是正常的，看到了说明机子超长发挥了

我师姐说一般都看得到啊
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7楼2013-12-14 13:16:19
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想学好的学渣

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bolysu at 2013-12-14 09:32:32
看不到才是正常的，看到了说明机子超长发挥了

同源率才有36%还是最高的
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8楼2013-12-14 13:16:47
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