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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR酶切位点的保护碱基可以随意设置吗？
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铜虫 (初入文坛)

[求助] PCR酶切位点的保护碱基可以随意设置吗？ 已有5人参与

我正在从细菌基因组里P目的基因，引物设计上遇到问题，上游需设计Nde I酶切位点，下游设计Xho I酶切位点。实验室有人告诉我在网上下载酶切位点的保护碱基来加，但有人告诉我随便加2-3个碱基，比如下游加上Xho I是这样CCG CTCGAG+下游引物，如果随便加碱基的话就是这样ATA CTCGAG+下游引物。
请问大家都是怎样设计的，分析一下您的经验！
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1楼 2014-05-26 22:23:48
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Neo2000

木虫 (著名写手)
★
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我做ta克隆的，不加保护碱基

[ 发自小木虫客户端 ]
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2楼2014-05-26 22:36:08
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ghqiu09

禁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
3楼2014-05-26 22:39:38
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bonbonzd

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-27 14:09:05
根据引物的GC含量随便添加就可以，使添加完后GC含量相差不多就可以
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4楼2014-05-27 13:10:13
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白菜吃虫

铜虫 (小有名气)
★
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不是随便加的，有一定的规律，你在网上搜索一下“酶切位点保护碱基”，能查到的。
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5楼2014-05-27 13:47:20
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
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你实验室人告诉你的随意加的意思是，保护碱基跟个数有关而和具体加什么碱基无关，但一般会根据序列来加，如果你的引物GC含量好，就尽量加A和T，如果AT含量高就尽量加G和C
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
6楼2014-05-27 14:12:45
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108391

铜虫 (初入文坛)
谢谢各位的热心建议，我还是用了在百度上搜的保护碱基，Xho I的是CCG CTCGAG而且下游正好T含量高，GC少，“gyesang”正解哈
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7楼2014-05-27 20:01:44
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