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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 克隆基因可以用起始位点上游或终止位点后面的碱基设计引物吗？
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sootiey

银虫 (小有名气)

[求助] 克隆基因可以用起始位点上游或终止位点后面的碱基设计引物吗？

正在作克隆，可以用起始位点上游或终止位点后面的碱基设计引物吗？按照常规的方法采用前后的约20bp，会有大量的引物二聚体和错配出现，目的条带很弱。
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1楼 2013-03-02 20:36:27
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)
★
古可ぷ: 金币+1, 谢谢交流 2013-03-03 10:23:50
后面如果不连tag就无所谓，前面得话要保证rbs和ATG距离，另外RBS之前序列也对翻译水平有影响。
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2楼2013-03-02 22:19:44
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sootiey

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by Haibara_Ai at 2013-03-02 22:19:44
后面如果不连tag就无所谓，前面得话要保证rbs和ATG距离，另外RBS之前序列也对翻译水平有影响。

我只需要在ATG前加几个bp减小引物二聚体或错配就可以了，应该不会对翻译有影响吧
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3楼2013-03-03 09:58:15
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Haibara_Ai

铜虫 (小有名气)
rbs距离超过10个bp活性会指数下降，我不知道你最终在质粒上怎么设计的
引物设计可以借助软件，不一定非要20bp，PCR也可以提高退火温度，+DMSO
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4楼2013-03-03 11:31:24
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