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suixing1956

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助全基因合成

打算找公司合成一段1100个碱基的DNA序列，有启动子和终止子。想要在序列两端引入Bind HI和XhoI，该如何设计？是直接在序列两端引入酶切位点吗？恳请赐教！
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1楼 2011-07-31 16:51:47
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-08-01 08:17:56
你如果是用来表达的，就不需要启动子和终止子了。想要在序列两端引入Bind HI和XhoI，就直接在两端加酶切位点就是，不需要什么特别的设计，只需要分析下你的目的基因中有没有这两个酶切位点，免得后面酶切时把目的基因也切断了，然后委托合成，合成现在也便宜的，三块多/bp。
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2楼2011-07-31 21:39:35
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+5, MolEPI+1): 一并奖励 2011-08-01 08:19:32
suixing1956(金币+2): 了解了，非常感谢。 2011-08-01 08:47:10
2楼的牛人说的不错滴~我补充一下，嘿嘿
我在生工合成，3块钱1个碱基。合成完了才听说捷瑞2块7一个碱基，。
1，二楼说的很有道理，如果是pET载体表达的话，可以没有起始终止密码子，但是必须注意加酶切位点有没有移码突变。还有一种情况是载体本身没有起始密码子的表达载体，这时需要加上的。
2，直接在设计基因两端加酶切序列。这个生工的服务还是可以的，开始合成基因的时候，我没有加起始终止密码子和酶切位点的，打算合成一些带酶切位点和起始终止密码子的引物，PCR后切胶回收~生工的孔繁静（Refuse AD，人确实很耐心）提示我是不是加上酶切位点和起始终止密码子，到时候直接提质粒酶切就可以了~~考虑虽然加上十几个碱基贵点，但是后面操作省了很多，值了，如果后面免不了用特异性引物PCR验证，也可以用引物的方式加进去酶切位点序列和起始终止密码子，引物合成有公司一块钱一个碱基，提供4OD的量，哈哈，竞争吧，呵呵。
3，值得提醒的是，合成基因做表达的话，基因序列可以免费到公司做密码子优化设计的。优化后，看看基因内部有没有酶切位点，这个有木有基因合成公司会提醒你的。
4，合成时间，很快，我的10天左右就可以拿到3条基因~
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3楼2011-07-31 22:24:08
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gwbk

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
西瓜(金币+1): 热心哈 2011-08-01 17:03:00
起始终止子......表达载体一般都有的，嘿嘿。特此更正。
如果楼主要做pMD、pUC等克隆载体的表达，必须加上启动子终止子和SD序列。。。我做过pMD 18 T Vector的表达，还可以的~
起始终止密码子、酶切位点设计没有什么特殊要求
合成1bp 3块钱，不是一碱基

有问题可以“引用回复”或站内信通知我。
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4楼2011-08-01 00:35:45
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duke01361

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
dhd997(金币+2): 最近很活跃，热心鼓励之 2011-08-02 08:08:47
本来我可以帮你设计，怎奈我在国外，在这里没法帮您！
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观音菩萨信徒myblog:http://blog.sciencenet.cn/u/duke01361
5楼2011-08-01 07:48:23
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江苏虞游

木虫 (正式写手)
可以找找上海生工，很不错的一家公司
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6楼2011-08-01 12:39:45
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cyzhgt

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gwbk at 2011-07-31 22:24:08:
2楼的牛人说的不错滴~我补充一下，嘿嘿
我在生工合成，3块钱1个碱基。合成完了才听说捷瑞2块7一个碱基，。
1，二楼说的很有道理，如果是pET载体表达的话，可以没有起始终止密码子，但是必须注意加酶切位点 ...

为什么我在生工合成基因要每对碱基3.8块呢？？难道我被坑了？？？求回复！！
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7楼2011-08-01 16:35:32
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gwbk

木虫 (正式写手)
是有这种情况的，你没有讲价吗？跟合成数量也有关系的。
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8楼2011-08-01 16:51:39
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
dhd997(金币+2): good 2011-08-02 08:09:08
引用回帖:
7楼: Originally posted by cyzhgt at 2011-08-01 16:35:32:
为什么我在生工合成基因要每对碱基3.8块呢？？难道我被坑了？？？求回复！！

价格都是可以商量的，你可以跟他们讨价还价，态度强硬些！我们实验室是先付了1万块在他们那里，这样子他们给的价格就会低些。
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9楼2011-08-01 17:04:52
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cyzhgt

金虫 (小有名气)
哦  谢谢啊！！不过我合的不是很多，今年合过两次，都是一百多个碱基~~ 下次要跟他们讲价才行  哈哈！！
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10楼2011-08-01 23:19:38
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