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108391

铜虫 (初入文坛)

[求助] PCR酶切位点的保护碱基可以随意设置吗? 已有5人参与

我正在从细菌基因组里P目的基因,引物设计上遇到问题,上游需设计Nde I酶切位点,下游设计Xho I酶切位点。实验室有人告诉我在网上下载酶切位点的保护碱基来加,但有人告诉我随便加2-3个碱基,比如下游加上Xho I是这样CCG CTCGAG+下游引物,如果随便加碱基的话就是这样ATA CTCGAG+下游引物。
请问大家都是怎样设计的,分析一下您的经验!
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Neo2000

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我做ta克隆的,不加保护碱基

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-05-26 22:36:08
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ghqiu09

禁虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

3楼2014-05-26 22:39:38
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bonbonzd

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-27 14:09:05
根据引物的GC含量随便添加就可以,使添加完后GC含量相差不多就可以
4楼2014-05-27 13:10:13
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白菜吃虫

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
不是随便加的,有一定的规律,你在网上搜索一下“酶切位点保护碱基”,能查到的。
5楼2014-05-27 13:47:20
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你实验室人告诉你的随意加的意思是,保护碱基跟个数有关而和具体加什么碱基无关,但一般会根据序列来加,如果你的引物GC含量好,就尽量加A和T,如果AT含量高就尽量加G和C
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
6楼2014-05-27 14:12:45
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108391

铜虫 (初入文坛)

谢谢各位的热心建议,我还是用了在百度上搜的保护碱基,Xho I的是CCG CTCGAG而且下游正好T含量高,GC少,“gyesang”正解哈
7楼2014-05-27 20:01:44
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