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菜菜0929

木虫 (小有名气)

[求助] 急!!!这种基因克隆需不需要用RACE

转录组测序后筛选出差异基因,克隆这样的基因需要用RACE技术吗?
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你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-12-29 21:35:56
菜菜0929: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-30 10:20:34
RACE是利用兼并引物P出一段序列,然后向两端延伸获得全长序列的方法。
你转录组都测序了克隆基因就不需要用RACE了。
2楼2013-12-29 21:09:45
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-12-29 21:09:45
RACE是利用兼并引物P出一段序列,然后向两端延伸获得全长序列的方法。
你转录组都测序了克隆基因就不需要用RACE了。

那我用什么方法?我看人家博士论文有用race的,我导师也让我用。可是我现在研三,没发文章没数据,也没有克隆过基因,我怕来不及毕业。有简单的方法给我提供一个,万分感谢

[ 发自小木虫客户端 ]
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
3楼2013-12-29 21:58:01
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-30 08:23:01
根据转录组测序和分析结果设计引物,从cDNA克隆你要的基因的完整ORF

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

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4楼2013-12-30 04:16:11
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-12-30 04:16:11
根据转录组测序和分析结果设计引物,从cDNA克隆你要的基因的完整ORF

直接拿拼接出来的序列设计还是哪CDS序列设计呢?是要把序列比对到NCBI,得到相似序列,再用DNAman什么的设计吗
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
5楼2013-12-30 09:08:35
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-12-30 04:16:11
根据转录组测序和分析结果设计引物,从cDNA克隆你要的基因的完整ORF

我刚才看了一下,你能不能帮我判断一下我这样的流程正不正确?
第一步,把转录组测序得到的其中一个差异基因序列输入OFR finder,的到了一个长的OFR
2.把得到的这个OFR的氨基酸序列放到NCBI Conserved domains检验,发现它属于一个蛋白家族,这说明我得到的OFR是正确的
第三步,利用这个OFR设计引物
第四步,从cDNA里用这个引物扩出全长

我这个流程是正确的吗?还有就是我第一步用来寻找OFR的序列是直接用我测序得到的序列还是用把测序序列比对到NCBI上得到的同源序列?(我之所以有这个疑问是因为老师说考虑到测序得到的序列是contig、unigene拼接出来的,可能不完全准确)
请帮我回答一下,万分感谢
你所浪费的今天是昨天死去的人所奢望的明天,你所厌恶的现在是你回不去的曾经,活在当下
6楼2013-12-30 10:33:11
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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菜菜0929: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-12-30 15:16:53
引用回帖:
6楼: Originally posted by 菜菜0929 at 2013-12-30 10:33:11
我刚才看了一下,你能不能帮我判断一下我这样的流程正不正确?
第一步,把转录组测序得到的其中一个差异基因序列输入OFR finder,的到了一个长的OFR
2.把得到的这个OFR的氨基酸序列放到NCBI Conserved domains检 ...

流程没问题,我认为根据测序结果设计引物就好了。确保万一的话你就设计两对引物好了,测序的一对,NCBI上得到的同源序列,哪个能P出来用哪个。
7楼2013-12-30 11:40:09
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菜菜0929

木虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-12-30 11:40:09
流程没问题,我认为根据测序结果设计引物就好了。确保万一的话你就设计两对引物好了,测序的一对,NCBI上得到的同源序列,哪个能P出来用哪个。...

非常感谢
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8楼2013-12-30 15:17:11
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