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摩都520

铜虫 (小有名气)

[求助] Marker条带问题及引物二聚体 已有1人参与


急急急!!各位亲,求帮帮忙,马上要做QPCR了,可现在用普通PCR验证为QPCR设计的引物现在都是出了问题,怎么办呢!!!!!
1,天根DL2000 Marke为2000bp,如图可看到Marker上面三条带有弯曲,而且弥散厉害,是什么原因呢?。
2,设计的引物,貌似都有二聚体?还是发卡结构?分别用下面八对引物跑的鱼的肝和脂肪组织(图3,肝跑出来,脂肪组织织没跑出来)。
3,这引起引物目的基因的片段都是,101-138之间的,但在,1,3,5跑道有大于远目的基因的片段,为什么?
4,有会oligo软件或NCBI在线BLAST的,能否帮比对下是不是引物的问题。




C1F        GGCAACAGCATCCATTCATT        20        2                HAP
C1R        TGCGTGTGGTGTTGAATATCC        21        2                HAP
C2F        TCCTAGATGACCCTTCACCTC        21        2                HAP
C2R        CCAAAGAGCGTTTATTGACCC        21        2                HAP
C3F        GCCATTCATTCTATCATGCTG        21        2                HAP
C3R        TCGTGTTGAACATACGCTCGT        21        2                HAP
C4F        AAGGGACGTTACTTCAAGGTG        21        2                HAP
C4R        TCCGACTTGTCTGCCAAGAT        20        2                HAP
H1F        CTGGATGTCCATTTCTGGAA        20        2                HAP
H1R        AAGGTCAAAGGTCGCAGGA        19        2                HAP
H2F         TCCACCATCAGCGCACAT         18        2                HAP
H2R        AGCCCCAGGGAAAGAGAGATA        21        2                HAP
ATaF         GGAATCTCTCTCACCCGAGTT        21        2        HAP
ATaR        AATGATGCCACAGTACACTGG        21        2      HAP
ATbF         CCGAGTTACAGACGGAGAAAA        21        2        HAP
ATbR        TGATGCCACAGTACACTGGGA        21        2        HAP
Marker条带问题及引物二聚体
3.jpg
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只做一件事,做绝
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lizanzan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-12-24 08:25:43
Maker上样量太大了,一般3.5ul就够了,看实验室有谁在做QPCR,帮你带个样品,检测一下你引物的溶解曲线
7楼2013-12-09 17:52:58
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