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求助解读PCR图为什么会这么烂
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之前做的都挺不错挺稳定的 回了半个月的家 之后就做不出来了 所有的东西都换新的试了还是不行啊 ,,,,求大侠指点迷津 体系25ul buffer 2.5 Dntp 2 F 0.3 R 0.3 模板 0.5 酶 0.5 水补至25ul 求指点迷津 |
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凌波丽
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【答案】应助回帖
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gyesang: 回帖置顶 2013-09-19 13:47:36
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流! 2013-09-19 13:47:42
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楼主的PCR扩增应该是出现涂抹带或片状带或地毯样带。 PCR扩增时出现涂抹带或片状带或地毯样带的原因与对策 2013年8月23日总结(第二次修订,加上序号,使文章的层次清晰,另外修正了错漏之处) PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。 其原因往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。 其对策有: 1.减少酶量(一般以2单位Taq DNA聚合酶为基点,分梯度上下调一调,其他酶也差不多如此浓度,可以参考说明书);加强DNA聚合酶的专一性或调换另一来源的专一性更好的DNA聚合酶。 2. 增加DNA聚合酶的专一性。 (1)改用专一性更强的DNA聚合酶,或者使用两种不同的DNA聚合酶,减低酶量或调换另一来源的专一性高的酶。更换DNA聚合酶时,酶量不要太大,以免出现特异性扩增。 (2)酶制剂中的甘油可能也是干扰因素。可以加入反应体系之前用超滤去除酶制剂中的甘油,若此操作引起酶的浓度过高,可以适当加双蒸馏水稀释。 (3)为了加强Taq DNA聚合酶的专一性。 的专一性,可在反应体系中加入:1-1.5mol/L的甜菜碱或者5%的DMSO可以提高PCR扩增效率,两者可以增加Taq DNA聚合酶的稳定性。 3.适当减少dNTP的浓度;减少dNTP的浓度一般需要与降低Mg2+浓度同方向偶联进行,但是不必按同样的比例。 4.适当降低Mg2+浓 度,可以采用梯度递减方式,以每次0.5mol/L递减,但是Mg2+的终浓度不要低于1.0mol/L。 5. 缩短PCR反应的退火温度时间或调高复性温度。没有重新设计引物之前,不要大范围地变动反应体系的复性温度,要在引物的Tm少5-10度的范围内变动。如果出现非特异性扩增,则在引物的Tm少5-10度的范围内把PCR反应的复性温度提高1-3度。 6.使用梯度降低PCR。在以基因组DNA为模板进行PCR扩增时,非特异性扩增较多,这时,最初的退火温度选用比Tm高5-10度。然后每隔1个循环,退火温度降低1-2度,直至到达正常的Tm附近的退火温度。 7.采用使用专一性更强的梯度降低PCR、热启动PCR和巢式PCR。使用热启动模式。使用热启动时可以购买商用的PCR热启动酶,也可以用石蜡隔离模式。巢式PCR也有现成的试剂盒可以购买。 8. 保证PCR反应的DNA模板的质量,要用电泳检测一下分子量和纯度,质量不好则要重新提取和纯化DNA模板;适当增加DNA模板量,减少循环次数。 9.以上措施都不行时,最后就只能重新设计引物,加强引物的专一性。 |
10楼2013-09-19 12:40:49
yuren2009
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