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渭水凡夫

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助解读PCR图为什么会这么烂

之前做的都挺不错挺稳定的 回了半个月的家  之后就做不出来了 所有的东西都换新的试了还是不行啊  ,,,,求大侠指点迷津   
体系25ul
buffer  2.5    Dntp  2    F  0.3   R  0.3   模板 0.5 酶  0.5  水补至25ul
求助解读PCR图为什么会这么烂
求指点迷津
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 回帖置顶 2013-09-19 13:47:36
gyesang: 金币+5, 鼓励回帖交流! 2013-09-19 13:47:42
楼主的PCR扩增应该是出现涂抹带或片状带或地毯样带。

PCR扩增时出现涂抹带或片状带或地毯样带的原因与对策

2013年8月23日总结(第二次修订,加上序号,使文章的层次清晰,另外修正了错漏之处)
     
    PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。
    其原因往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。

    其对策有:
  1.减少酶量(一般以2单位Taq DNA聚合酶为基点,分梯度上下调一调,其他酶也差不多如此浓度,可以参考说明书);加强DNA聚合酶的专一性或调换另一来源的专一性更好的DNA聚合酶。
  2. 增加DNA聚合酶的专一性。
(1)改用专一性更强的DNA聚合酶,或者使用两种不同的DNA聚合酶,减低酶量或调换另一来源的专一性高的酶。更换DNA聚合酶时,酶量不要太大,以免出现特异性扩增。   
(2)酶制剂中的甘油可能也是干扰因素。可以加入反应体系之前用超滤去除酶制剂中的甘油,若此操作引起酶的浓度过高,可以适当加双蒸馏水稀释。
(3)为了加强Taq DNA聚合酶的专一性。 的专一性,可在反应体系中加入:1-1.5mol/L的甜菜碱或者5%的DMSO可以提高PCR扩增效率,两者可以增加Taq DNA聚合酶的稳定性。
3.适当减少dNTP的浓度;减少dNTP的浓度一般需要与降低Mg2+浓度同方向偶联进行,但是不必按同样的比例。
4.适当降低Mg2+浓 度,可以采用梯度递减方式,以每次0.5mol/L递减,但是Mg2+的终浓度不要低于1.0mol/L。
5. 缩短PCR反应的退火温度时间或调高复性温度。没有重新设计引物之前,不要大范围地变动反应体系的复性温度,要在引物的Tm少5-10度的范围内变动。如果出现非特异性扩增,则在引物的Tm少5-10度的范围内把PCR反应的复性温度提高1-3度。
6.使用梯度降低PCR。在以基因组DNA为模板进行PCR扩增时,非特异性扩增较多,这时,最初的退火温度选用比Tm高5-10度。然后每隔1个循环,退火温度降低1-2度,直至到达正常的Tm附近的退火温度。
7.采用使用专一性更强的梯度降低PCR、热启动PCR和巢式PCR。使用热启动模式。使用热启动时可以购买商用的PCR热启动酶,也可以用石蜡隔离模式。巢式PCR也有现成的试剂盒可以购买。
8. 保证PCR反应的DNA模板的质量,要用电泳检测一下分子量和纯度,质量不好则要重新提取和纯化DNA模板;适当增加DNA模板量,减少循环次数。
9.以上措施都不行时,最后就只能重新设计引物,加强引物的专一性。
10楼2013-09-19 12:40:49
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yuren2009

木虫 (正式写手)

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★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-18 10:22:24
我感觉你的引物有问题,确定是新的?还有就是你的DNA质量不确定。

[ 发自小木虫客户端 ]
学习使你立于不败之地
2楼2013-09-18 00:58:19
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chlorella409

木虫 (正式写手)

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引物不好,基本没P出来,都是弥散的
3楼2013-09-18 08:57:12
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Sthunder

木虫 (正式写手)

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gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2013-09-18 10:22:34
个人觉得模板不行,同时退火温度可能有点高!Good luck!
互助互励,共奋共进!!
4楼2013-09-18 09:34:46
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因为吃饭

银虫 (小有名气)

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marker都是怪怪的。只看得到3条啊。
辩证。
5楼2013-09-18 10:27:37
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feipiaolw

新虫 (初入文坛)

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★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-19 13:47:09
MARKER都没有跑好,只有三条带,就不能说明是PCR没有P出来的问题,染料是不是有问题呢。跑个PAGE电泳看看引物是不是浓度一致,没有配错浓度或降解,模板浓度也没有问题吗?
学术一点,挺好的,要坚持
6楼2013-09-18 16:27:53
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tayifeita

木虫 (小有名气)

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可能是模板浓度和电泳液,还有就是你的DNA模板有些开始降解
7楼2013-09-18 16:41:54
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deeplycat

新虫 (初入文坛)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-19 13:47:17
我觉得是你的PCR程序,退火温度设置的太低,你的退火温度一般是你的Tm值减少1--3度(生工),我P的时候就是  退火温度设置的低了 结果条带就弥散了。
8楼2013-09-18 20:33:44
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妳口妳口

新虫 (小有名气)

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★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验! 2013-09-19 13:47:24
引物浓度高么?我怎样才加0.3。我一般5mM加1ul

[ 发自小木虫客户端 ]
9楼2013-09-19 11:45:12
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