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crazymouse66

金虫 (正式写手)

[求助] 相对荧光定量PCR

各位虫友,麻烦大家帮我看一下,我做的试试荧光定量PCR,其中溶解曲线都还可以,但是扩增曲线为什么会出现那种情况呢?真的不是很明白,请大家指导一下。其中我做了60个循环,里面初始的cDNA含量是9ng。
相对荧光定量PCR
扩增曲线.jpg


相对荧光定量PCR-1
溶解曲线.jpg
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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gyesang: 金币+3, 鼓励回帖应助! 2013-07-03 02:11:05
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crazymouse66: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你的建议 2013-07-09 08:41:32
做60个循环也太多了吧。我怀疑你扩增的是什么。一般定量PCR的程序跑40或者45个循环。CT的最佳范围是15-30。你的熔解曲线好像也有问题。熔解温度太低,一般产物峰的熔解温度在80°C以上,七十多度的一般都是引物二聚体。你扩增的是用RNA反转录得到的第一链cDNA吗?
2楼2013-07-03 00:21:23
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crazymouse66

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-07-03 00:21:23
做60个循环也太多了吧。我怀疑你扩增的是什么。一般定量PCR的程序跑40或者45个循环。CT的最佳范围是15-30。你的熔解曲线好像也有问题。熔解温度太低,一般产物峰的熔解温度在80°C以上,七十多度的一般都是引物二聚 ...

我用的是RNA反转录得到的第一链cDNA。这个不是引物二聚体,因为跑完QPCR后我又拿这个产物跑了电泳,结果条带很亮,不是引物二聚体。
3楼2013-07-03 08:48:09
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vicky8685

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-07-03 10:40:16
crazymouse66: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-09 08:39:56
你应该是做了两组检测,一组扩增曲线看上去效果还是可以的,但是CT值最多跑45循环,后面的一般是非特异性扩增很多,没有意义的
另外一组检测应该是你的引物探针没有设计好,出来的曲线乱七八糟。
现在有一步法的荧光PCR检测,不用两步这么麻烦,而且效果也好
怪兽
4楼2013-07-03 08:56:56
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透明的玻璃杯

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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crazymouse66: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-09 08:40:16
在PCR过程中,常可见到循环次数到底应为多少的问题。简单计算就明白了。30循环,产物扩增量为2^30,近似为10^9, 如果用1000个模板分子,则PCR后,总量为 1000*10^9=10^12, 其摩尔数=10^12/6.02*10^23=1.6*10^(-12)=1pmol
如果你的片段为200nt, 则PCR后的产物量=分子量*摩尔数=200*660*1.6*10^(-12)g=0.2*10^(-6)g=0.2ug
由此,可以看到正常PCR的扩增效率。

另:
PCR是,你的引物总量是? 40个循环、50个循环、60个循环需要消耗多少引物? 我就不细算了。

因此请各位做PCR时,最好计算一下
皇帝诞生地
5楼2013-07-03 09:28:48
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crazymouse66

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by vicky8685 at 2013-07-03 08:56:56
你应该是做了两组检测,一组扩增曲线看上去效果还是可以的,但是CT值最多跑45循环,后面的一般是非特异性扩增很多,没有意义的
另外一组检测应该是你的引物探针没有设计好,出来的曲线乱七八糟。
现在有一步法的荧 ...

是的,我是做了两组,好的那一组是我的内参,做的还比较好,另外那个歪歪曲曲的是我的目的基因,做之前我也用普通PCR做了一下,目的条带也很亮,所以就拿来做QPCR了。可能是引物的问题吧。
6楼2013-07-03 10:04:25
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crazymouse66

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 透明的玻璃杯 at 2013-07-03 09:28:48
在PCR过程中,常可见到循环次数到底应为多少的问题。简单计算就明白了。30循环,产物扩增量为2^30,近似为10^9, 如果用1000个模板分子,则PCR后,总量为 1000*10^9=10^12, 其摩尔数=10^12/6.02*10^23=1.6*10^(-12) ...

谢谢你详细的回答,在做之前我确实没有考虑这么多,刚开始只做了40个循环,但是扩增曲线还没有到达平稳期,所以我就直接加到60个循环了,确实没有仔细的算过。
7楼2013-07-03 10:06:25
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zhouking8758

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2013-07-03 10:40:38
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-07-04 02:59:11
5楼说的对。循环数与你的引物用量,dNTP用量都是相关的。
扩增曲线不好的,都是模板浓度很低的吧。
另外,溶解曲线的起始温度可以低一点,比方说从你的退火温度开始(你不会采用的是两步PCR,退货温度直接和延伸温度相同吧?)
8楼2013-07-03 10:24:46
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-07-04 02:59:21
crazymouse66: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-09 08:40:50
引用回帖:
3楼: Originally posted by crazymouse66 at 2013-07-03 08:48:09
我用的是RNA反转录得到的第一链cDNA。这个不是引物二聚体,因为跑完QPCR后我又拿这个产物跑了电泳,结果条带很亮,不是引物二聚体。...

如果你确定是目标产物的话当然不错。不过,从扩增曲线上看,有些不是标准的S型,可能是基因的丰度低,需要增加模板的使用量。顺便问一下,你的cDNA浓度是怎样定的?
9楼2013-07-03 23:15:31
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grape_vine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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crazymouse66: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢 2013-07-09 08:41:05
引用回帖:
7楼: Originally posted by crazymouse66 at 2013-07-03 10:06:25
谢谢你详细的回答,在做之前我确实没有考虑这么多,刚开始只做了40个循环,但是扩增曲线还没有到达平稳期,所以我就直接加到60个循环了,确实没有仔细的算过。...

40个循环都还没到平台期 应该先考虑增加模板
10楼2013-07-03 23:25:22
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