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xiayongxiu

金虫 (正式写手)

[求助] 相对定量荧光PCR结果分析中的SD如何计算？

本人最近做了荧光定量PCR，是相对定量。由于内参和目的基因的扩增效率不一致，所以没有用2-delta delta CT法，是用PFLAFF的 Ritio=E delta CT(cali-test)target/E delta CT(cali-test)ref。但是不知道SD是怎么算的。我的每个基因每次跑3个重复，然后做了2个生物学重复（提取2次RNA反转录做的）。请高手赐教。
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一切都要靠自己努力
1楼 2012-06-01 19:30:49
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xiayongxiu

金虫 (正式写手)
送鲜花一朵
西瓜: 回帖置顶 2012-06-04 18:53:50
引用回帖:
3楼: Originally posted by atlanticwi at 2012-06-02 00:06:37
嗯.....................
       我觉的是和deltaCT法相似的吧 分别计算表达量后再SD
       个人看法 若有说错请高手指点

2-delt delt CT法的SD算法很麻烦，用三个重复的CT值的SD开方加密之类的。就不太清楚用Pfaffll算法该怎样。不过还是谢谢你。
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一切都要靠自己努力
4楼2012-06-02 15:00:45
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普通回帖

xiayongxiu

金虫 (正式写手)
怎么没有人回啊？我自己顶一个。恳请高手相助，本人正等着数据分析呢。我将不胜感激你的帮助。
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一切都要靠自己努力
2楼2012-06-01 20:19:07
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
嗯.....................
       我觉的是和deltaCT法相似的吧 分别计算表达量后再SD
       个人看法 若有说错请高手指点
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

xiayongxiu
Let God do with it as He wills
3楼2012-06-02 00:06:37
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chord

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
对照组的SD:  用每个对照组和对照组平均值分别求 DELTA CT，再求对照组SD

实验组的SD:同理，但是是用对照组的FOLD CHANGE的平均值加入计算
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5楼2012-06-03 17:30:59
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xiayongxiu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by chord at 2012-06-03 17:30:59
对照组的SD:  用每个对照组和对照组平均值分别求 DELTA CT，再求对照组SD

实验组的SD:同理，但是是用对照组的FOLD CHANGE的平均值加入计算

能够说具体一点吗？不是特别明白。非常谢谢
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一切都要靠自己努力
6楼2012-06-03 19:18:08
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tank1917

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜: 金币+1, 鼓励交流 2012-06-04 18:54:26
xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-06 08:18:52
请见 Willems, E., L. Leyns, and J. Vandesompele. 2008. Standardization of real-time PCR gene expression data from independent biological replicates. Analytical biochemistry 379(1):127-129.
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7楼2012-06-03 19:38:47
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chord

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-04 18:54:43
xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-06 08:19:01
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiayongxiu at 2012-06-03 19:18:08
能够说具体一点吗？不是特别明白。非常谢谢...

首先，一个实验组和一个对照组做一个基因的相对定量，然后有3个重复。

一个实验组和一个对照组会产生4个CT，其中2个内参和2个目的基因的。三个重复后就有12个CT值。

在计算实验组的倍数变化时，其中用的是对照组的ct的平均值，也就是三个重复的delta ct 的平均值，而 实验组的ct值是每一组的原始数值，3组就能求出实验组 的 SD

在计算对照组的sd 时同理，将对照组的3个实际值分别和对照组的平均值带入公式，得到3个倍数变化值（一般都接近于1） 然后求SD

OK?   
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8楼2012-06-04 14:07:52
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