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xiayongxiu

金虫 (正式写手)

[求助] 相对定量荧光PCR结果分析中的SD如何计算?

本人最近做了荧光定量PCR,是相对定量。由于内参和目的基因的扩增效率不一致,所以没有用2-delta delta CT法,是用PFLAFF的 Ritio=E delta CT(cali-test)target/E delta CT(cali-test)ref。但是不知道SD是怎么算的。我的每个基因每次跑3个重复,然后做了2个生物学重复(提取2次RNA反转录做的)。请高手赐教。
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chord

铜虫 (小有名气)

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对照组的SD:  用每个对照组和对照组平均值分别求 DELTA CT,再求对照组SD

实验组的SD:同理,但是是用对照组的FOLD CHANGE的平均值加入计算
5楼2012-06-03 17:30:59
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chord

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-04 18:54:43
xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-06 08:19:01
引用回帖:
6楼: Originally posted by xiayongxiu at 2012-06-03 19:18:08
能够说具体一点吗?不是特别明白。非常谢谢...

首先,一个实验组和一个对照组做一个基因的相对定量,然后有3个重复。

一个实验组和一个对照组会产生4个CT,其中2个内参和2个目的基因的。三个重复后就有12个CT值。

在计算实验组的倍数变化时,其中用的是对照组的ct的平均值,也就是三个重复的delta ct 的平均值,而 实验组的ct值是每一组的原始数值,3组就能求出实验组 的 SD

在计算对照组的sd 时同理,将对照组的3个实际值分别和对照组的平均值带入公式,得到3个倍数变化值(一般都接近于1) 然后求SD

OK?   
8楼2012-06-04 14:07:52
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