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相对定量荧光PCR结果分析中的SD如何计算？
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| 本人最近做了荧光定量PCR，是相对定量。由于内参和目的基因的扩增效率不一致，所以没有用2-delta delta CT法，是用PFLAFF的 Ritio=E delta CT(cali-test)target/E delta CT(cali-test)ref。但是不知道SD是怎么算的。我的每个基因每次跑3个重复，然后做了2个生物学重复（提取2次RNA反转录做的）。请高手赐教。 |
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2楼2012-06-01 20:19:07
atlanticwi
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【答案】应助回帖
感谢参与，应助指数 +1
|
嗯..................... 我觉的是和deltaCT法相似的吧 分别计算表达量后再SD 个人看法 若有说错请高手指点  |
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xiayongxiu3楼2012-06-02 00:06:37
4楼2012-06-02 15:00:45
5楼2012-06-03 17:30:59
6楼2012-06-03 19:18:08
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xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-06 08:18:52
| 请见 Willems, E., L. Leyns, and J. Vandesompele. 2008. Standardization of real-time PCR gene expression data from independent biological replicates. Analytical biochemistry 379(1):127-129. |
7楼2012-06-03 19:38:47
【答案】应助回帖
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xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-06 08:19:01
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xiayongxiu: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-06-06 08:19:01
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首先，一个实验组和一个对照组做一个基因的相对定量，然后有3个重复。 一个实验组和一个对照组会产生4个CT，其中2个内参和2个目的基因的。三个重复后就有12个CT值。 在计算实验组的倍数变化时，其中用的是对照组的ct的平均值，也就是三个重复的delta ct 的平均值，而 实验组的ct值是每一组的原始数值，3组就能求出实验组 的 SD 在计算对照组的sd 时同理，将对照组的3个实际值分别和对照组的平均值带入公式，得到3个倍数变化值（一般都接近于1） 然后求SD OK?  |
8楼2012-06-04 14:07:52
