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梁小云632

新虫 (初入文坛)

[求助] 荧光定量PCR扩增效率怎么做????我要被逼疯了

请问各位大侠:
我最近在做4个基因,7个模板的荧光定量PCR,是相对定量,模板间Actin的CT值相差比较大,最低的19最高的26,这样的实验结果能不能用???
我用的CDNA没有稀释,稀释过10倍的,actin的CT值在25以上,很高,有什么办法能都解决这个问题?
还有,我怎么确定我的扩增效率,具体应该怎么做?是以一个模板的cDNA做5个数量级的梯度稀释以后,跑一下荧光定量PCR,然后用稀释倍数和CT值做曲线,按公式计算吗??还有应该用别的方法做啊??????
谢谢啊?
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tuobaohua

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【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 梁小云632 at 2012-03-02 15:44:12:
非常感谢啊!但是恕我愚昧,我还是不能将此联系到我现在的问题上,我想说,我怎么能求出这个E值,我需要做什么样的实验,还有,我上面描述的稀释倍数+CT值做曲线的方法行得通不?

我也是查的资料,我再去查查,查到了的话就黏贴上来
4楼2012-03-02 16:54:56
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liveinearth

新虫 (小有名气)

我也在做相对定量,确定处理前后基因表达的改变。我选的是GAPDH和目的基因检测,ddCT法。
但做之前我需要做GAPDH和目的基因的扩增效率是否一样,即需要稀释样品,先做这两个基因的标准曲线。
我想问高手:做这样的标准曲线,在ABI仪器里选按钮时是按AQ还是RQ stand curve??
谢谢大家。我是新手,问题比较低级的说。
昨天做了选的是RQ stand curve,仪器并没有标准曲线出来,难道要自己画?谁做过能具体说说操作过程吗
10楼2012-04-26 10:06:27
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tuobaohua

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wenjing120(金币+1): 积极应助! 2012-03-02 19:37:26
PCR扩增为指数扩增,每一扩增周期后产物的量可以下式表达:
         Yn=Yn-1·(1+E) = Yn-2·(1+E)2=…= X·(1+E)n   
         0≤E≤1            
          其中E表示扩增效率,Yn表示在n个周期后PCR产物的分子数量,Yn-1为n-1个周期后PCR产物的分子数量。
         等式仅在限定的扩增周期数(通常为20或30)内成立。超过此周期数,扩增过程即由指数扩增降低至稳定的扩增速率,最终达到平台,不再扩增.
2楼2012-03-02 15:31:18
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梁小云632

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by tuobaohua at 2012-03-02 15:31:18:
PCR扩增为指数扩增,每一扩增周期后产物的量可以下式表达:
         Yn=Yn-1·(1+E) = Yn-2·(1+E)2=…= X·(1+E)n   
         0≤E≤1            
          其中E表示扩增效率,Yn表示在n个周期后PCR产物 ...

非常感谢啊!但是恕我愚昧,我还是不能将此联系到我现在的问题上,我想说,我怎么能求出这个E值,我需要做什么样的实验,还有,我上面描述的稀释倍数+CT值做曲线的方法行得通不?
3楼2012-03-02 15:44:12
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tuobaohua

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梁小云632(金币+1): 2012-03-05 15:07:05
5楼2012-03-02 16:57:02
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梁小云632

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by tuobaohua at 2012-03-02 16:54:56:
我也是查的资料,我再去查查,查到了的话就黏贴上来

版主好人啊,谢谢你啊,感激不尽啊
6楼2012-03-05 14:55:53
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tuobaohua

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6楼: Originally posted by 梁小云632 at 2012-03-05 14:55:53:
版主好人啊,谢谢你啊,感激不尽啊

什么好人啊
RT-PCR对我只是个传说,一度准备做的,后来又一度搁浅了
所以啥都不知道,只是帮忙在网上东看看西找找的弄了点资料而已
7楼2012-03-05 14:58:39
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梁小云632

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by tuobaohua at 2012-03-05 14:58:39:
什么好人啊
RT-PCR对我只是个传说,一度准备做的,后来又一度搁浅了
所以啥都不知道,只是帮忙在网上东看看西找找的弄了点资料而已

这个确实能把人折磨疯了!
8楼2012-03-05 15:09:07
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mizhoulong

木虫 (著名写手)

环境卫生、微生物学

这个纯支持和学习。

只要做定量,设备的软件中这些数据都是自动生成,也就一直没有认真学习过。
环境卫生、微生物学、卫生应急
9楼2012-04-16 10:21:56
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