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a莫桑

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何通过一段序列,找到它上下游的序列?谢谢! 已有3人参与

我现在有一段20多长度的序列,怎么找到它前面五六十,加上后面五六十的碱基序列呢?
我在ncbi上blast之后,点了第一个配对最高的,点了FASTA之后出来几十万个碱基序列,我用页面搜索,却找不到我输入的那20多nt序列。请问我的方法有什么错误吗?
例如:

TCAGTGCACTACAGAACTTTGT

以及GTAAACATCCTTGACTGGAAGCT

我是新人。没什么金币。真的真的谢谢大家的帮助!时间紧急,拜托了!

[ Last edited by 1949stone on 2013-6-24 at 08:05 ]
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1949stone: 金币+1, 同意 这些估计是后话了 2013-06-24 08:05:50
反向PCR,基因组文库,RACE。
2楼2013-06-23 14:06:21
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tongyanna

金虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1949stone: 金币+1, 估计要是试到地老天荒了 2013-06-24 08:06:13
方向上的错误,或者互补的反向,都试试吧!
自己的路,自己快乐的走
3楼2013-06-23 18:50:41
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1949stone: 金币+1, 有道理 2013-06-24 08:06:21
分值最高可能不完全匹配,而且这个序列是不是太短了?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-06-23 19:12:34
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