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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » PCR产物电泳条带比预期的大，怎么回事？
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akyuan

金虫 (正式写手)

[求助] PCR产物电泳条带比预期的大，怎么回事？

两个PCR产物，电泳后条带都是比预期的大100bp左右，预期大小分别为171bp和168bp。应该在100bp和250bp之间，现在电泳条带两个都在250bp之上，怎么回事呢？跑了两次PCR和电泳，情况完全一样。

图片2.jpg
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1楼2013-04-20 15:38:19
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物版块期待你的更多精彩。 2013-04-22 15:38:44
模板是什么？如果是cDNA可能是有DNA污染，多了100bp可能就是个内含子
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2楼2013-04-20 16:50:01
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akyuan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wxl007777 at 2013-04-20 16:50:01
模板是什么？如果是cDNA可能是有DNA污染，多了100bp可能就是个内含子

是cDNA。还有个问题，同样的模板，程序，引物不同，PCR后电泳条带与预期的大小一样，怎么解释呢？谢谢你。
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3楼2013-04-20 17:43:06
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励应助！ 2013-04-22 17:10:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by akyuan at 2013-04-20 17:43:06
是cDNA。还有个问题，同样的模板，程序，引物不同，PCR后电泳条带与预期的大小一样，怎么解释呢？谢谢你。...

另外的引物也是跨内含子吗？如果没有跨内含子，cDNA模板P出来的应该与基因组DNA为模板P出来的一样大。此外，消化DNA往往只是把基因组DNA消化成碎片，如果降解不完全，有时候会发生你说的情况。看是不是模板污染了基因组DNA，只需要用基因组DNA为模板P一下看看是不是与你用cDNA模板P出来的片段一样大就可以了。
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akyuan
4楼2013-04-21 01:46:27
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akyuan

金虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-21 01:46:27
另外的引物也是跨内含子吗？如果没有跨内含子，cDNA模板P出来的应该与基因组DNA为模板P出来的一样大。此外，消化DNA往往只是把基因组DNA消化成碎片，如果降解不完全，有时候会发生你说的情况。看是不是模板污染了基 ...

好的，谢谢你。
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5楼2013-04-22 15:16:40
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akyuan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-04-21 01:46:27
另外的引物也是跨内含子吗？如果没有跨内含子，cDNA模板P出来的应该与基因组DNA为模板P出来的一样大。此外，消化DNA往往只是把基因组DNA消化成碎片，如果降解不完全，有时候会发生你说的情况。看是不是模板污染了基 ...

引物没有跨内含子。
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6楼2013-04-22 15:34:21
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wxl007777

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by akyuan at 2013-04-20 17:43:06
是cDNA。还有个问题，同样的模板，程序，引物不同，PCR后电泳条带与预期的大小一样，怎么解释呢？谢谢你。...

引物不同，是同一个片段的不同位置的引物，还是不同片段的引物？你这种情况很有可能就是内含子的问题，你最好再核对一下~
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7楼2013-04-22 23:09:47
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akyuan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wxl007777 at 2013-04-22 23:09:47
引物不同，是同一个片段的不同位置的引物，还是不同片段的引物？你这种情况很有可能就是内含子的问题，你最好再核对一下~...

你好，这是我在MFEprimer-2.0比对出来的结果。高人，帮忙分析下。谢谢

MFEprimer-2.0 Evaluation Results Report.png
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8楼2013-04-23 20:26:44
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