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shiliyusly

新虫 (小有名气)

[求助] QPCR之 扩增效率

大家好,做实时定量PCR以前都是用Thermo的试剂盒最近改用promega的,同个基因相同的退火温度,溶解曲线却不同,如下图,promega的溶解曲线圈出部分荧光强度为负值,这样正常吗?应该如何改进呢??谢谢

promega.jpg



thermo.jpg
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shiliyusly

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by gyesang at 2013-04-04 21:16:36
溶解曲线主要是看有没有非特异的峰,用来判断引物扩增的特异性的,开始几个温度内荧光呈现负值属正常现象,这可能是仪器本身的原因,你的溶解曲线很好,不用做改进了。

谢谢你!但是我用的是同一台仪器,只是试剂盒不一样,其他的模板基因等条件都是一样的,溶解曲线却是差别这么大,上面的第一副图圈出那么大部分都是复制,第个溶解曲线只有刚开始的部分是负值,扩增效率也不是很高,90%不到呢
3楼2013-04-04 21:59:54
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiliyusly: 金币+3, ★有帮助 2013-04-04 22:00:03
溶解曲线主要是看有没有非特异的峰,用来判断引物扩增的特异性的,开始几个温度内荧光呈现负值属正常现象,这可能是仪器本身的原因,你的溶解曲线很好,不用做改进了。

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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
2楼2013-04-04 21:16:36
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gyesang

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【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by shiliyusly at 2013-04-04 21:59:54
谢谢你!但是我用的是同一台仪器,只是试剂盒不一样,其他的模板基因等条件都是一样的,溶解曲线却是差别这么大,上面的第一副图圈出那么大部分都是复制,第个溶解曲线只有刚开始的部分是负值,扩增效率也不是很高 ...

主要看峰是否在同一位置即可,溶解曲线看不出扩增效率,扩增效率要做标准曲线
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
4楼2013-04-04 23:14:01
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
shiliyusly: 金币+3 2013-04-05 10:42:30
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2013-04-05 13:19:52
不知道你的引物的退火温度是多少。在温度较低的情况下,可能是引物与模板发生了anealing,造成双链DNA增加,所以荧光增加,对于熔接曲线来说会产生一点负值区域也属于正常的。一般这种情况下,可以把做熔接曲线的起始温度稍微提高一些,一般是Tm+5°C开始就可以了。不同的盒子这方面不太一样也是可能的。熔接曲线主要看产物是否单一,我觉得你的这个熔接曲线还是不错的。至于扩增效率问题,需要做标准曲线。不到90%是有些低,你是否优化了退火温度?

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5楼2013-04-05 00:07:07
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