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pygao

金虫 (正式写手)

[求助] 反转录后扩增有好几条带

我的RNA质量很好,反转录后扩增;师妹得到所有的目的条带,但我有两对引物扩增的目的条带像Market,有好几条且很明亮。我们用同样的细胞,但处理方式不同,用经过处理的细胞提RNA,做QRT-PCR。谁能告诉我可能的原因?谢谢!
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zkwwh

新虫 (初入文坛)

我反转录的cDNA可以扩出来100bp的条带,可是扩不出来900bp的条带是什么原因呢?
9楼2013-12-17 16:20:11
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-27 13:35:36
可能是引物特异性问题。此外,你的引物是否跨内含子,RNA反转录前是做了DNase消化?
2楼2013-03-24 11:43:54
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pygao

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cicelyzh at 2013-03-24 11:43:54
可能是引物特异性问题。此外,你的引物是否跨内含子,RNA反转录前是做了DNase消化?

谢谢!我没有仔细看引物是否跨内含子,也没有做DNase消化,和师妹做的相同,我们用同样的引物,她的是一条带,我的是多条带,是不是RNA中含有DNA啊,我用mini RNase kit提的RNA,她用trizol提取的。
3楼2013-03-27 09:49:20
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cicelyzh

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励应助 2013-03-29 16:03:57
引用回帖:
3楼: Originally posted by pygao at 2013-03-27 09:49:20
谢谢!我没有仔细看引物是否跨内含子,也没有做DNase消化,和师妹做的相同,我们用同样的引物,她的是一条带,我的是多条带,是不是RNA中含有DNA啊,我用mini RNase kit提的RNA,她用trizol提取的。...

不管用什么方法提的RNA,反转录前要消化DNA。否则基因组DNA会干扰qPCR。如果引物跨内含子的话,基因组模板P出来的带会与cDNA模板P出的不一样,如果没有跨内含子,两种模板P出同样的带。你的情况很可能是样品里混有基因组DNA,而且引物跨内含子。
4楼2013-03-27 12:25:47
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