应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助！大片段4kb左右基因PCR克隆方法
161/2返回列表12下一页
查看: 4822  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

angelee

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助！大片段4kb左右基因PCR克隆方法 已有2人参与

求助！大片段4kb左右基因PCR克隆方法。之前，设计引物以cDNA为模板扩增，结果没有任何条带，究竟是为什么呢？求解答~
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

核酸生物学实验经验

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-12-09 21:45:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

3kd-20kd的DNA片段适用长片段PCR扩增。

长片段PCR不同于一般PCR的特殊要求

1.用Taq-LA DNA聚合酶，该酶是Taq酶或Klentaq 1（无纠错功能）与pfu酶或Deep Vent酶（有纠错功能）的混合物，以Taq酶为主。
2.当需要扩增的片段大于20kd时，需要加入高浓度的甜茶碱（终浓度为1.5-2.0mol/L)，提高PCR的效率，但是甜茶碱加入后，要将扩增反应的温度降低2-3度。楼主的扩增片段还到不了20kd,甜茶碱可以少加点。
3.适当升高镁离子浓度，不要太高了镁离子浓度高于底物dNTP浓度即可。
4.变性时间要短，尤其是一般不超过30 s，尤其是模板长度超过8KD时更是如此，变性时间长会破坏模板。
5.延伸温度可以下降为68摄氏度，同时加长延伸反应时间，长度为3-5kd的模板延伸反应时间为5-10分钟，长度为20-35kd的模板延伸反应时间为20分钟，楼主的PCR的延伸反应时间可能为12-16分钟左右。
6.模板浓度最好在1ng/L以内。
7.应用长片段PCR缓冲溶液。10X长片段PCR缓冲溶液组成为：500 mmol/L Tris-Cl(pH=9.0),160 mmol/L硫酸铵，25 mmol/L MgCl2,1.5mmol/L BSA。
8.设计较长的PCR引物（25-30 bp)
其他同普通PCR。
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2014-07-11 10:46:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mimi糖砣

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by cxl_yll at 2011-12-10 10:34:26
用takara的la taq酶，我9000都出来了，不过概率很小

想请教一下，我最近想克隆七八千左右的，用cDNA克隆，请问能不能指点一些细节，比如反转录什么酶比较好，有没有检测cDNA的质量，引物设计需要注意什么，有没有分段克隆的经验？问题比较多，非常感谢分享~
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2014-07-10 14:08:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cxl_yll

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by mimi糖砣 at 2014-07-10 14:08:04
想请教一下，我最近想克隆七八千左右的，用cDNA克隆，请问能不能指点一些细节，比如反转录什么酶比较好，有没有检测cDNA的质量，引物设计需要注意什么，有没有分段克隆的经验？问题比较多，非常感谢分享~...

我用的LA tag预混装的，P了1个月，就P出5次，你可能需要换一种方法，基本做一次PCR需要10个小时吧，3年前做的细节忘记的差不多了，我给你回信了...
分段克隆需要找到合适的酶切位点吧，一般好的酶切位点都没占用了，还有链接的时候有时候需要看一下方向...
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2014-07-11 10:03:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

shaquila

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

大片段的反转是个问题哦
赞一下 回复此楼
2楼2011-12-10 07:49:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhaoyonggang

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励交流 2011-12-10 10:56:18
先看看引物设计问题，Tm是不是太低了，有没有引物二聚体。

如果引物设计没有问题的话，看看cDNA序列中有没有高GC含量的片段等difficult 序列。有得话，试试two-step PCR，或者加点DMSO或甜菜碱。去网上google一下吧，会有有用的信息的。

4Kb不算太大，应该是没问题的。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-12-10 10:03:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cxl_yll

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
lstt09nk(金币+1): 9000哦，很厉害哦 2011-12-10 10:56:37
用takara的la taq酶，我9000都出来了，不过概率很小
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-12-10 10:34:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lihegang2000

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

takara的LA-taq酶可以试试，也可以分两段或者三段扩
赞一下 回复此楼
5楼2011-12-10 12:15:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

世外清风

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
基因组DNA扩过没问题，takara的LA可以，可以尝试下两步法试试
赞一下 回复此楼
6楼2011-12-10 16:53:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chenglong_li

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
问题一样啊，3kb多的片段，扩了一个月，也没有好的电泳结果。
我分析或许与所扩增的基因有关系，其高级结果比较复杂，变性时间短的话解链不充分，变性时间长的话造成模板损伤，退火温度高的话引物与模板结合不充分，退火温度低的话造成非特异性条带，延伸过程rTaq酶每分钟1kb。
一些见解，供交流！
赞一下 回复此楼
7楼2012-04-02 10:40:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wlwabcd

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
TM值，引物，Mg2+浓度等有可能出问题。你要扩基因组还是cDNA？
如果是基因组的话可以
①先扩大片段，回收后以大片段为模板继续扩增。
②先分段扩增，回收后混合作模板扩增基因。
如果是cDNA，首先建议你用actin检测一下cDNA质量。cDNA没问题建议重新设计引物，可以在UTR区设计；或者可以换一种酶试试。我用takara的Primerstar扩3k的cDNA完全没问题，这个酶的保真性也很好。或者KOD也可以，KOD的扩增能力很强，保真性不如Primerstar。
赞一下 回复此楼
8楼2012-04-06 21:48:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小蛐蛐第一名

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

谢谢大家的经验，我也遇到同样的问题，好高兴呀！
赞一下 回复此楼
9楼2012-12-20 21:08:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 angelee 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 XlxB7q11Bc3x 2026-09-01 3/150 2026-09-01 21:52 by Y3OMSsg8u9zj
[基金申请] 面上合作单位盖章 +6 ssyjh 2026-08-27 9/450 2026-09-01 20:01 by huagongfeihu
[基金申请] 面上函评意见出来了，像什么等级？ 20+4 Tsingking1 2026-08-27 17/850 2026-09-01 19:51 by 超级无敌华子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +5 bjdxyxy 2026-08-26 5/250 2026-09-01 17:54 by 小伟大博士
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 21:30 by xiangy672
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 能否申诉？ +7 echo8914667 2026-08-30 8/400 2026-08-31 17:00 by yihongxu
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[考博] 找导师 +6 yuanjiabao 2026-08-29 7/350 2026-08-30 14:40 by 生科新手
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭