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angelee

新虫 (初入文坛)

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[求助] 求助！大片段4kb左右基因PCR克隆方法已有2人参与

求助！大片段4kb左右基因PCR克隆方法。之前，设计引物以cDNA为模板扩增，结果没有任何条带，究竟是为什么呢？求解答~

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1楼 2011-12-09 21:45:08

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

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性别: MM
专业: 生物大分子结构与功能
管辖: 生物科学综合

【答案】应助回帖

3kd-20kd的DNA片段适用长片段PCR扩增。

长片段PCR不同于一般PCR的特殊要求

1.用Taq-LA DNA聚合酶，该酶是Taq酶或Klentaq 1（无纠错功能）与pfu酶或Deep Vent酶（有纠错功能）的混合物，以Taq酶为主。
2.当需要扩增的片段大于20kd时，需要加入高浓度的甜茶碱（终浓度为1.5-2.0mol/L)，提高PCR的效率，但是甜茶碱加入后，要将扩增反应的温度降低2-3度。楼主的扩增片段还到不了20kd,甜茶碱可以少加点。
3.适当升高镁离子浓度，不要太高了镁离子浓度高于底物dNTP浓度即可。
4.变性时间要短，尤其是一般不超过30 s，尤其是模板长度超过8KD时更是如此，变性时间长会破坏模板。
5.延伸温度可以下降为68摄氏度，同时加长延伸反应时间，长度为3-5kd的模板延伸反应时间为5-10分钟，长度为20-35kd的模板延伸反应时间为20分钟，楼主的PCR的延伸反应时间可能为12-16分钟左右。
6.模板浓度最好在1ng/L以内。
7.应用长片段PCR缓冲溶液。10X长片段PCR缓冲溶液组成为：500 mmol/L Tris-Cl(pH=9.0),160 mmol/L硫酸铵，25 mmol/L MgCl2,1.5mmol/L BSA。
8.设计较长的PCR引物（25-30 bp)
其他同普通PCR。