| 查看: 1329 | 回复: 8 | |||
[交流]
菌株系统树的构建
|
|
本人现在在做菌株的系统发育树，根据菌株的16srDNA做的，总是做不好，跪求大神指点 发自小木虫Android客户端 |
回复此楼» 猜你喜欢
284求调剂
已经有3人回复
-
085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂
已经有3人回复
-
一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利｜求调剂
已经有12人回复
-
材料专业申博
已经有4人回复
-
311求调剂一志愿合肥工业大学
已经有5人回复
-
070300化学279求调剂
已经有6人回复
-
材料与化工（0856）304求B区调剂
已经有9人回复
-
085601 329分调剂
已经有3人回复
-
本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂
已经有3人回复
-
一志愿大连理工大学材料求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助细菌系统发育树构建时参比菌株的选择
已经有0人回复
- 系统发育树拓扑结构分析
已经有0人回复
- 建系统发育树怎么弄数值？（树节点上的那些数值）
已经有3人回复
- 怎样用EzTaxon构建系统发育树啊？？？
已经有1人回复
- 向高人请教，关于构建系统发育树的，谢谢！
已经有12人回复
- 求教关于使用16s RDNA对细菌鉴定时，关于构建系统发育树的问题。
已经有12人回复
- 系统树如何分析
已经有9人回复
- 求大神帮助小弟构建一下这个菌株序列的进化树
已经有5人回复
- 系统发育树中比对序列怎么选的？？在哪里选。。
已经有2人回复
- mega做出来的系统发育树如下，求助是什么问题
已经有6人回复
- 构建酵母系统发育树问题-急，请大侠给予帮助
已经有6人回复
- 一株霉菌的系统发育树构建
已经有4人回复
- 一株盐单胞菌，blast结果和系统发育树的构建不一致啊，这是怎么回事？
已经有7人回复
- 系统发育树构建中的若干问题
已经有14人回复
- 真菌系统发育树建立
已经有1人回复
- 一个菌株和最高同源性的菌，构建系统发育树两个菌不在一起
已经有10人回复
- 系统发育树构建求教
已经有4人回复
- 如何从NCBI上下载菌株的16S rDNA序列，请问在NCBI上如何下载？
已经有5人回复
- 请问构建系统发育树 比对菌株的选择原则
已经有3人回复
- 做16S rDNA鉴定时进行同源性比较的方法！！
已经有18人回复
2楼2017-03-20 16:22:53
Val23
银虫 (小有名气)
- 应助: 7 (幼儿园)
- 金币: 255.4
- 散金: 68
- 帖子: 163
- 在线: 28.5小时
- 虫号: 2925437
- 注册: 2014-01-10
- 性别: MM
- 专业: 生物物理、生物化学与分子
3楼2017-03-20 16:56:38
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
序列选得不好，根据你的菌的大体的分类地位序列，不能简单地根据相似度选，例如，你的菌具体属于哪个科？哪个属？结合这个科，这个属内的一些菌的序列，以及16s相似度斤的序列来做发育树 发自小木虫Android客户端 |
4楼2017-03-20 17:15:40
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
首先纠正下是16S rRNA，此外，进化树不是根据NCBI数据库序列相似性来选，而是同属不同种都选1-2个，选到相似性90出头的就不要了。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2017-03-21 10:01:05
6楼2017-03-21 16:02:06
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
① 做进化树，不是全部都选很接近的菌，这样做出来的树不如说是相似树好了，而非进化树，进化树要大概看出来一个进化关系，所以亲远的都得选，亲远选择是第一步；② 从100%一直到90%左右，每个属挑几个，这样就在进化意义上代表性了；③ 进化树根本不能说你的菌是啥东东，进化树只是相对的，要绝对知道你的菌，目前连生理生化、脂肪酸含量、DNA-DNA杂交都已经过时，很多都是全基因组测序了。进化树说明不了啥东西，只是一个参考；④ 准不准确还必须注意一个问题，NCBI普通库的数据你能确保别人都是准确的吗？只有专家库的才是靠谱的，选择序列，选择100%或者90%不是为了得到准不准确的答案，进化树就是这么做的。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
能养鱼的猫7楼2017-03-21 19:32:24
8楼2017-03-25 15:22:01
9楼2017-03-27 06:44:08
