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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 系统发育树构建中的若干问题
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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树构建中的若干问题

这两天在忙系统发育树的构建，有一些问题弄不清楚，特来请教。
     我从文献中的发育树上找了一些菌株作为参照，觉得找的已经足够多了，但还是不能把我自己的序列都包括进去。还有数字的大小代表什么，太小是不是亲缘关系较远~
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1楼 2013-09-05 19:52:06
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distant616

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lhf903: 金币+10, ★有帮助 2013-09-07 12:47:38
不能够包括进去也行是你建树的过程中序列的方向不一致，就是说也行你的样品序列式3到5，而你在NCBI上下载下来的序列确是5到3的，这点需要注意一下。数字是代表一个概率，这一支的可信程度。
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5楼2013-09-06 13:17:50
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lhf903

金虫 (正式写手)
第一次建树，还有许多问题不很清楚，望有经验的虫子可以给点意见~
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9楼2013-09-07 13:53:58
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风吹我已散

木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by lhf903 at 2013-09-07 18:17:18
我是做土壤微生物群落结构多样性的，研究的甲烷氧化菌，现在得到一些序列，相关综述文献说甲烷氧化菌可归为5到6个属，从网站上找到了这几个属的模式菌株，建树后发现有几条序列没有包括到树里面，将这几条序列输入 ...

那你把这5~6个属各选几个具有代表性的类群啊，然后建树。并不需要把每个属的所有种都取到，不是要最近的都加进去，而是要有代表性；每个属都选几个种，这样算出来的才比较有说服力。
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12楼2013-09-07 19:51:43
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普通回帖

hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lhf903: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-09-06 11:04:22
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2013-09-06 11:47:59
构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对，去同源性高的（比如>95%，根据实际情况）建树，不是从文献中获得序列
外围典型种可以在专门网站搜到，并获得他的基因组序列
树枝上的数值是说明其两个菌株在进化关系上相近的一种运用计算得到的值，一般>73的树枝表示两株菌同源可信
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兴趣是第一导师，我爱它，因此我毫无疲倦的探索
2楼2013-09-06 10:27:02
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2013-09-06 10:27:02
构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对，去同源性高的（比如>95%，根据实际情况）建树，不是从文献中获得序列
外围典型种可以在专门网站搜到，并获得他的基因组序列
树枝上的数值是说明其 ...

建树的序列不是应该用自己的序列嘛，可以取NCBI比对后的同源性高的序列吗
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3楼2013-09-06 11:07:17
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2013-09-06 10:27:02
构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对，去同源性高的（比如>95%，根据实际情况）建树，不是从文献中获得序列
外围典型种可以在专门网站搜到，并获得他的基因组序列
树枝上的数值是说明其 ...

我目前不了解外围典型种的网站，可否告知一些较权威的~
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4楼2013-09-06 11:10:28
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lhf903

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by distant616 at 2013-09-06 13:17:50
不能够包括进去也行是你建树的过程中序列的方向不一致，就是说也行你的样品序列式3到5，而你在NCBI上下载下来的序列确是5到3的，这点需要注意一下。数字是代表一个概率，这一支的可信程度。

序列方向调过之后还是没有全包括进去，就想问问有没有哪个网站可以找到全面一点的外围种~
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6楼2013-09-06 15:08:20
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lhf903 at 2013-09-06 11:07:17
建树的序列不是应该用自己的序列嘛，可以取NCBI比对后的同源性高的序列吗...

如果你是研究某属菌株多样性，有若干同属菌株，想探究他们相关关系则用自己的序列，而对于同源性非常远的还是blast一下吧
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兴趣是第一导师，我爱它，因此我毫无疲倦的探索
7楼2013-09-07 10:35:50
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lhf903: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-07 12:47:46
lhf903: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-09-27 10:02:27
引用回帖:
4楼: Originally posted by lhf903 at 2013-09-06 11:10:28
我目前不了解外围典型种的网站，可否告知一些较权威的~...

http://www.bacterio.cict.fr/   我用的是师兄告知的这个网站，其他的没用过，你试试看吧
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8楼2013-09-07 10:37:35
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风吹我已散

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by lhf903 at 2013-09-07 13:53:58
第一次建树，还有许多问题不很清楚，望有经验的虫子可以给点意见~

建树嘛
1.选择外类群，就是与你研究类群比较近的类群做外类群。比如你要建某一个属的系统树，你可以选择与该属亲缘关系比较近的类群做外类群；选与该属关系最近的属找内类群。怎么知道该属的近缘类群？谷歌学术搜索该类群或该类群的上一级类群（没有的话就一次往上一级类群，比如你研究的是一个属，你可以找该属所在族，科等等），应该会有相应的做系统的文献，你看看该文献的系统树图就知道了。
2.选择片段
就是分子标记，比如rbcl，its, rps16 等等；怎么选择？看哪个片段对你所研究类群更有分辨率了，就是能解决你想要的问题了；看别人研究都用什么片段（当然是与你类群相近的类群），还有就是你想选某几个片段，最好这几个片段的其它类群在NCBI上基本都有
3.序列比对
这个容易也不容易。建议用Bioedit,记得软件比对之后要手动比对哦！！！！！！比对原则？按你所学的分子生物学知识来。
4.建树
很多软件，PAUP—MP法，BAYES-bayes 推导法,GAIRL-ML法等都是主流，MEGA？好像如果要求不是很严格的话用这个吧，简单。但是想严格的话，建议用前面几个。
建树要考虑的东西很多，建出来的树也有很多要仔细想的，如果想得到好结果又有说服力的话，建议找比较懂得人问问。
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10楼2013-09-07 15:26:51
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