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lhf903金虫 (正式写手)
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系统发育树构建中的若干问题
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这两天在忙系统发育树的构建，有一些问题弄不清楚，特来请教。 我从文献中的发育树上找了一些菌株作为参照，觉得找的已经足够多了，但还是不能把我自己的序列都包括进去。还有数字的大小代表什么，太小是不是亲缘关系较远~ |
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5楼2013-09-06 13:17:50
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12楼2013-09-07 19:51:43
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构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对，去同源性高的（比如>95%，根据实际情况）建树，不是从文献中获得序列 外围典型种可以在专门网站搜到，并获得他的基因组序列 树枝上的数值是说明其两个菌株在进化关系上相近的一种运用计算得到的值，一般>73的树枝表示两株菌同源可信 |
2楼2013-09-06 10:27:02
lhf903
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4楼2013-09-06 11:10:28
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6楼2013-09-06 15:08:20
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7楼2013-09-07 10:35:50
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http://www.bacterio.cict.fr/ 我用的是师兄告知的这个网站，其他的没用过，你试试看吧 |
8楼2013-09-07 10:37:35
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建树嘛 1.选择外类群，就是与你研究类群比较近的类群做外类群。比如你要建某一个属的系统树，你可以选择与该属亲缘关系比较近的类群做外类群；选与该属关系最近的属找内类群。怎么知道该属的近缘类群？谷歌学术搜索该类群或该类群的上一级类群（没有的话就一次往上一级类群，比如你研究的是一个属，你可以找该属所在族，科等等），应该会有相应的做系统的文献，你看看该文献的系统树图就知道了。 2.选择片段 就是分子标记，比如rbcl，its, rps16 等等；怎么选择？看哪个片段对你所研究类群更有分辨率了，就是能解决你想要的问题了；看别人研究都用什么片段（当然是与你类群相近的类群），还有就是你想选某几个片段，最好这几个片段的其它类群在NCBI上基本都有 3.序列比对 这个容易也不容易。建议用Bioedit,记得软件比对之后要手动比对哦！！！！！！比对原则？按你所学的分子生物学知识来。 4.建树 很多软件，PAUP—MP法，BAYES-bayes 推导法,GAIRL-ML法等都是主流，MEGA？好像如果要求不是很严格的话用这个吧，简单。但是想严格的话，建议用前面几个。 建树要考虑的东西很多，建出来的树也有很多要仔细想的，如果想得到好结果又有说服力的话，建议找比较懂得人问问。 |
10楼2013-09-07 15:26:51
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