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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 风吹我已散 at 2013-09-07 15:26:51
建树嘛
1.选择外类群,就是与你研究类群比较近的类群做外类群。比如你要建某一个属的系统树,你可以选择与该属亲缘关系比较近的类群做外类群;选与该属关系最近的属找内类群。怎么知道该属的近缘类群?谷歌学术搜 ...

我是做土壤微生物群落结构多样性的,研究的甲烷氧化菌,现在得到一些序列,相关综述文献说甲烷氧化菌可归为5到6个属,从网站上找到了这几个属的模式菌株,建树后发现有几条序列没有包括到树里面,将这几条序列输入NCBI比对后发现同源性高的序列也都没有鉴定出来,只是说属于细菌。现在我想是不是要将NCBI上比对后同源性高的序列一起加进去作树后,说一下与谁谁谁的研究相近,而不用说归到了哪个属,不知道这样可不可以~
11楼2013-09-07 18:17:18
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风吹我已散

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by lhf903 at 2013-09-07 18:17:18
我是做土壤微生物群落结构多样性的,研究的甲烷氧化菌,现在得到一些序列,相关综述文献说甲烷氧化菌可归为5到6个属,从网站上找到了这几个属的模式菌株,建树后发现有几条序列没有包括到树里面,将这几条序列输入 ...

那你把这5~6个属各选几个具有代表性的类群啊,然后建树。并不需要把每个属的所有种都取到,不是要最近的都加进去,而是要有代表性;每个属都选几个种,这样算出来的才比较有说服力。
12楼2013-09-07 19:51:43
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 风吹我已散 at 2013-09-07 19:51:43
那你把这5~6个属各选几个具有代表性的类群啊,然后建树。并不需要把每个属的所有种都取到,不是要最近的都加进去,而是要有代表性;每个属都选几个种,这样算出来的才比较有说服力。...

是的,但是我还有一些序列没有被包括在这几个属里面,我想是不是可以找一些NCBI上比对后同源性高的一起作树,归到一起后说一下与谁谁谁的研究相近就行了,而不必详细到归为哪个属
13楼2013-09-07 22:05:16
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zxhong

金虫 (正式写手)

非常有用
14楼2013-11-01 07:34:37
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
14楼: Originally posted by zxhong at 2013-11-01 07:34:37
非常有用

??????
15楼2013-11-01 09:52:19
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