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lhf903

金虫 (正式写手)

[求助] 系统发育树构建中的若干问题

这两天在忙系统发育树的构建,有一些问题弄不清楚,特来请教。
     我从文献中的发育树上找了一些菌株作为参照,觉得找的已经足够多了,但还是不能把我自己的序列都包括进去。还有数字的大小代表什么,太小是不是亲缘关系较远~
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by lhf903 at 2013-09-06 11:07:17
建树的序列不是应该用自己的序列嘛,可以取NCBI比对后的同源性高的序列吗...

如果你是研究某属菌株多样性,有若干同属菌株,想探究他们相关关系则用自己的序列,而对于同源性非常远的还是blast一下吧
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
7楼2013-09-07 10:35:50
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hkqgeoffrey

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lhf903: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-09-06 11:04:22
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2013-09-06 11:47:59
构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对,去同源性高的(比如>95%,根据实际情况)建树,不是从文献中获得序列
外围典型种可以在专门网站搜到,并获得他的基因组序列
树枝上的数值是说明其两个菌株在进化关系上相近的一种运用计算得到的值,一般>73的树枝表示两株菌同源可信
兴趣是第一导师,我爱它,因此我毫无疲倦的探索
2楼2013-09-06 10:27:02
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2013-09-06 10:27:02
构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对,去同源性高的(比如>95%,根据实际情况)建树,不是从文献中获得序列
外围典型种可以在专门网站搜到,并获得他的基因组序列
树枝上的数值是说明其 ...

建树的序列不是应该用自己的序列嘛,可以取NCBI比对后的同源性高的序列吗
3楼2013-09-06 11:07:17
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lhf903

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hkqgeoffrey at 2013-09-06 10:27:02
构建系统发育树首先要将你的序列放到NCBI和数据库中序列比对,去同源性高的(比如>95%,根据实际情况)建树,不是从文献中获得序列
外围典型种可以在专门网站搜到,并获得他的基因组序列
树枝上的数值是说明其 ...

我目前不了解外围典型种的网站,可否告知一些较权威的~
4楼2013-09-06 11:10:28
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