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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 一株盐单胞菌，blast结果和系统发育树的构建不一致啊，这是怎么回事？
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dgm1208

银虫 (小有名气)

[求助] 一株盐单胞菌，blast结果和系统发育树的构建不一致啊，这是怎么回事？

如题，本人分离得到了一株盐单胞菌，16S rDNA测序后，得到了比较完整的序列后，首先在网上进行了序列比对，之后又构建了系统发育树，但是结果不一致。比方说我网上序列比对的结果显示A，B与我的菌株亲缘关系最近，然后我去构建系统发育树的时候，A，B没有和我的菌株聚到一起，甚至距离很远，希望有这方面的大神给解惑一下，非常感谢···
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科研路艰辛···
1楼 2013-09-23 09:37:48
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
dgm1208: 金币+2, ★有帮助 2013-09-24 09:35:47
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励应助！ 2013-09-24 09:44:10
blast之后进行系统发育树的构建所选择的菌株应与你的目标菌株相似度最高的4-5个菌株的基因序列进行重新构建
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2楼2013-09-23 10:01:26
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dgm1208

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 树2979 at 2013-09-23 10:01:26
blast之后进行系统发育树的构建所选择的菌株应与你的目标菌株相似度最高的4-5个菌株的基因序列进行重新构建

4-5个序列太少了吧···没有说服力···
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科研路艰辛···
3楼2013-09-23 10:07:09
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树2979

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by dgm1208 at 2013-09-23 10:07:09
4-5个序列太少了吧···没有说服力···...

还要加上已知相同功能的物种的15-20个菌株
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4楼2013-09-23 11:04:06
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dgm1208

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 树2979 at 2013-09-23 11:04:06
还要加上已知相同功能的物种的15-20个菌株...

我就是这样做的啊···我想知道的是为什么和blast的结果不一致···
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科研路艰辛···
5楼2013-09-24 09:35:34
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破网

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是新菌吗？相似度多少？

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go
6楼2013-09-25 23:33:08
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破网

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

是新菌吗？相似度多少？

[ 发自小木虫客户端 ]
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go
7楼2013-09-25 23:34:19
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dgm1208

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 破网 at 2013-09-25 23:34:19
是新菌吗？相似度多少？

嗯 应该是新菌，不到97%···
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科研路艰辛···
8楼2013-09-27 17:10:00
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