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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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能养鱼的猫

新虫 (小有名气)

[交流] 菌株系统树的构建

本人现在在做菌株的系统发育树,根据菌株的16srDNA做的,总是做不好,跪求大神指点

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416114799

至尊木虫 (知名作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
首先纠正下是16S rRNA,此外,进化树不是根据NCBI数据库序列相似性来选,而是同属不同种都选1-2个,选到相似性90出头的就不要了。

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做人做事要低调,默默践行心中的梦想.
5楼2017-03-21 10:01:05
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蓝色妖姬8662

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
跟楼主遇到相同的问题,跪求大神指点
2楼2017-03-20 16:22:53
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Val23

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
跟楼主一样,系统进化树总是出不来想要的结果

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3楼2017-03-20 16:56:38
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江云儿小郭郭

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
序列选得不好,根据你的菌的大体的分类地位序列,不能简单地根据相似度选,例如,你的菌具体属于哪个科?哪个属?结合这个科,这个属内的一些菌的序列,以及16s相似度斤的序列来做发育树

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4楼2017-03-20 17:15:40
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