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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 向高人请教，关于构建系统发育树的，谢谢！
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13611899123

铁虫 (初入文坛)

[交流] 向高人请教，关于构建系统发育树的，谢谢！ 已有9人参与

你们好，我的16s rDNA测序好，我拿反向序列（通用1492R）去ezbiocloud中去比对（选择3’至5’比对）显示相似性是97%，然后我挑了两个同属的和若干个不同属的菌在一起构建系统发育树，但结果显示该菌株与其他菌的bootstrap值很低 完全不在一个分支上，请问这是怎么回事?求高人指教 谢谢你们！
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1楼 2014-10-30 19:11:35
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13611899123

铁虫 (初入文坛)
做出来就和这个图一样。。。
向高人请教，关于构建系统发育树的，谢谢！
123.png
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3楼2014-10-30 22:06:19
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普通回帖

13611899123

铁虫 (初入文坛)
忘了说了，对不起，我没什么分，所以。。。。哎-
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2楼2014-10-30 19:36:02
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轻风CYg

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个我也搞不懂啊！有点高端！

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4楼2014-10-31 07:32:00
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倾听花开

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看着题目挺亲切的。现在正在上课呢，老师在上面讲的就是构建这个东西。。。。不过不懂。。。。。。

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5楼2014-10-31 10:45:17
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
这个easy，你的标尺，就是左下角那个是多少。n1什么意思，看不懂。
你调取这个属的理由是什么，离得最近的十株菌都是这个属的？
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6楼2014-11-01 23:04:38
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13611899123

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by dllchina at 2014-11-01 23:04:38
这个easy，你的标尺，就是左下角那个是多少。n1什么意思，看不懂。
你调取这个属的理由是什么，离得最近的十株菌都是这个属的？

你好，我的标尺是0.1。J3、V4、V3是未知的菌。我选取的是取相似度很高的菌，但出现这种情况。不知道怎么改善。
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7楼2014-11-03 16:54:18
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BinBinzjb

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
会不会是你序列弄反了啊？你下载的序列可能是5‘到3’，而你目的序列是3‘到5',这样在一起比对时，差异就很大，就会导致形成2个大分枝。
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守得了黑夜
8楼2014-11-04 11:21:59
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mary651

新虫 (初入文坛)
★
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引用回帖:
2楼: Originally posted by 13611899123 at 2014-10-30 19:36:02
忘了说了，对不起，我没什么分，所以。。。。哎-

你的问题解决了吗，我做DGGE切胶测序，比对玩建树也是这个样子，不知道什么原因
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9楼2014-11-15 22:33:14
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妙淼2013

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我今天做的也出现这样的问题啊！不知道怎么回事

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10楼2014-11-16 23:45:49
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