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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求教DNA序列建树问题。谢谢
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violin0301

银虫 (初入文坛)

[求助] 求教DNA序列建树问题。谢谢 已有2人参与

如题。

我在NCBIblast比对后按顺序选择15个相似序列建树如图1，以及选择前50个相似序列中的9个不同种属结果建树如图2
请问，哪种是对的？而且，建起来的树感觉怪怪的，而且附件1中，我的序列与哪个更相近呢？
偶完全没有这方面的知识，拜求各位不吝赐教！

谢谢
求教DNA序列建树问题。谢谢
图片1.jpg


求教DNA序列建树问题。谢谢-1
图片2.png
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1楼 2013-12-31 20:29:01
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lyt26802

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
violin0301: 金币+5, ★有帮助 2014-01-02 19:25:58
一般不是都用blast软件及mega5作图么
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2楼2013-12-31 20:34:01
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violin0301

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lyt26802 at 2013-12-31 20:34:01
一般不是都用blast软件及mega5作图么

是啊，我的树是用mega6作的，NJ法，我觉得应该是相似序列没选好，但我不是很清楚选的原则
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3楼2013-12-31 21:19:28
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bikexmx

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
violin0301: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-01-02 19:25:47
个人认为结果是差不多的，都是跟Gibberella intermedia相似性最高，但是60几这个分值并不高
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前方总有更多挑战，战胜恐惧，勇往向前，加油~~~~
4楼2014-01-02 11:21:54
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lyt26802

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by violin0301 at 2013-12-31 21:19:28
是啊，我的树是用mega6作的，NJ法，我觉得应该是相似序列没选好，但我不是很清楚选的原则...

一般选类比菌株的时候尽量多选那些带有菌株保藏中心编号的 比如ATCC的，这样会比较准确，多选一些 多做几次 图就好看了
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violin0301
5楼2014-01-04 21:14:39
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violin0301

银虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by lyt26802 at 2014-01-04 21:14:39
一般选类比菌株的时候尽量多选那些带有菌株保藏中心编号的 比如ATCC的，这样会比较准确，多选一些 多做几次 图就好看了...

谢谢赐教，我再作图看看
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6楼2014-01-08 14:42:24
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