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zdx516

铁虫 (小有名气)

[求助] 已知一个基因的DNA序列,怎么得到它的cDNA序列,我想做RT-PCR

我想做Real time pcr,先要设计引物,可是我只有基因的DNA序列(是开放阅读框),各位大侠,怎么得到它的cDNA序列?谢谢
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跳舞的骆驼

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助! 2013-08-26 22:06:35
如果知道已知序列在什么菌里面或组织,你可以直接提取RNA,然后逆转录成cDNA,以此作模板使用于RT-PCR。
2楼2013-08-26 21:18:38
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fantasist001

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
开放阅读框及cDNA的一部分,可以根据此序列设计引物。
但是你最好找到该基因的gDNA序列,找出内含子外显子的位置,最好两个引物都在一个外显子上。
似乎你对一些DNA,RNA序列的基本概念还不清楚,可以查相关教科书。
3楼2013-08-27 00:06:56
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weithermo

新虫 (初入文坛)

如果你由基因序列,很多时候你可以到NCBI找到cDNA序列。如果没有人发表过,你还可以查找免费·软件帮你分析内含子的位置。你也可以买cDNA克隆,这样就有cDNA序列了。如果你想自己克隆,那要有基因的起始和终点序列,并设计引物,做RT-PCR可以获得cDNA,再测序。
4楼2013-08-27 03:55:00
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zdx516

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 跳舞的骆驼 at 2013-08-26 21:18:38
如果知道已知序列在什么菌里面或组织,你可以直接提取RNA,然后逆转录成cDNA,以此作模板使用于RT-PCR。

你好,我有这个基因所在的菌株,我也是想提RNA,逆转录成cDNA,然后进行RT-PCR,只是设计引物时发现找不到cDNA序列,我只知道这段基因的序列,从ATG到TAA结束,是完整的开放阅读框,这菌是细菌,没有内含子外显子之分吧,谢谢
5楼2013-08-27 09:47:15
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zdx516

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fantasist001 at 2013-08-27 00:06:56
开放阅读框及cDNA的一部分,可以根据此序列设计引物。
但是你最好找到该基因的gDNA序列,找出内含子外显子的位置,最好两个引物都在一个外显子上。
似乎你对一些DNA,RNA序列的基本概念还不清楚,可以查相关教科书 ...

大侠,我感觉cDNA和开放阅读框是不一样的,我这菌是细菌没有内含子,外显子区别,我该怎样找到cDNA或mRNA序列呀?
6楼2013-08-27 09:51:07
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zdx516

铁虫 (小有名气)

内容已删除
7楼2013-08-27 09:55:48
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