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zdx516

铁虫 (小有名气)

[求助] 已知一个基因的DNA序列，怎么得到它的cDNA序列，我想做RT-PCR

我想做Real time pcr，先要设计引物，可是我只有基因的DNA序列（是开放阅读框），各位大侠，怎么得到它的cDNA序列？谢谢
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1楼 2013-08-26 19:52:09
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跳舞的骆驼

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖应助！ 2013-08-26 22:06:35
如果知道已知序列在什么菌里面或组织，你可以直接提取RNA，然后逆转录成cDNA，以此作模板使用于RT-PCR。
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2楼2013-08-26 21:18:38
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fantasist001

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
开放阅读框及cDNA的一部分,可以根据此序列设计引物。
但是你最好找到该基因的gDNA序列，找出内含子外显子的位置，最好两个引物都在一个外显子上。
似乎你对一些DNA，RNA序列的基本概念还不清楚，可以查相关教科书。
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3楼2013-08-27 00:06:56
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weithermo

新虫 (初入文坛)
如果你由基因序列，很多时候你可以到NCBI找到cDNA序列。如果没有人发表过，你还可以查找免费·软件帮你分析内含子的位置。你也可以买cDNA克隆，这样就有cDNA序列了。如果你想自己克隆，那要有基因的起始和终点序列，并设计引物，做RT-PCR可以获得cDNA，再测序。
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4楼2013-08-27 03:55:00
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zdx516

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 跳舞的骆驼 at 2013-08-26 21:18:38
如果知道已知序列在什么菌里面或组织，你可以直接提取RNA，然后逆转录成cDNA，以此作模板使用于RT-PCR。

你好，我有这个基因所在的菌株，我也是想提RNA，逆转录成cDNA,然后进行RT-PCR，只是设计引物时发现找不到cDNA序列，我只知道这段基因的序列，从ATG到TAA结束，是完整的开放阅读框，这菌是细菌，没有内含子外显子之分吧，谢谢
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5楼2013-08-27 09:47:15
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zdx516

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fantasist001 at 2013-08-27 00:06:56
开放阅读框及cDNA的一部分,可以根据此序列设计引物。
但是你最好找到该基因的gDNA序列，找出内含子外显子的位置，最好两个引物都在一个外显子上。
似乎你对一些DNA，RNA序列的基本概念还不清楚，可以查相关教科书 ...

大侠，我感觉cDNA和开放阅读框是不一样的，我这菌是细菌没有内含子，外显子区别，我该怎样找到cDNA或mRNA序列呀？
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6楼2013-08-27 09:51:07
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zdx516

铁虫 (小有名气)
内容已删除
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7楼2013-08-27 09:55:48
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