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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】
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jocent

木虫 (小有名气)

[求助] 多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】 已有4人参与

我现在需要作7000条毒株的进化树，想用比较快的的PHYML软件，但是这个软件需要格式为.phy的，我就用clustalX转化，结果提示我：

Warning: Truncating sequence names to 10 characters for PHYLIP output

然后我没有管这个问题，但是，得到的.phy文件（abc.phy）就再也打不开(见图)了（clustalX和bioedit都打不开）。而且PHYML也不跑。。。

问题1：有没有较好的把较大的.fas文件转化成.phy的方法。（网上又可以转化的软件，但是7000多条依然不给转化，因为文件太大了）
问题2：对于我这7000多条，有没有比较推荐的建树方法？MEGA, Bioedit，clustalX我都尝试过了，超级无敌慢呐。。。
有没有哪位大神帮助一下？解决一个问题，额外给50金币！谢谢了！
多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】
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多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】-1
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多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】-3
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1楼 2013-12-18 14:05:45
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hellohanson

银虫 (初入文坛)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2013-12-18 16:11:59
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w418704194

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转换格式的时候序列名称不要超过10个字符 可以用bioperl转换格式 建树上基本就这些软件 7000多条的树怎么看

[ 发自小木虫客户端 ]
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jocent
3楼2013-12-18 18:19:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jocent: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 谢谢哦~可以找您详细咨询吗？ 2013-12-20 09:14:43
看提示，是phylip的序列名只支持10个字母/数字。clustalx打不开可能就是因为不支持。
不过其实phylip格式非常简单http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format，完全可以自己写个小程序，或者利用bioperl弄。
PHYML不跑，是什么意思？有没有错误信息？
clustalw是命令行版的，比clustalx好用，在linux服务器上弄，7000多条应该可以的。
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

jocent
4楼2013-12-19 07:08:03
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zhaozhibozhi

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以调用命令行对序列重新命名。其它同常规操作
赞一下(1人) 回复此楼
做一个阳光、开朗的小和尚
5楼2013-12-19 08:39:34
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jocent

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by w418704194 at 2013-12-18 18:19:23
转换格式的时候序列名称不要超过10个字符 可以用bioperl转换格式 建树上基本就这些软件 7000多条的树怎么看

恩恩 我试试
回复此楼
6楼2013-12-20 09:15:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jocent

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-12-19 07:08:03
看提示，是phylip的序列名只支持10个字母/数字。clustalx打不开可能就是因为不支持。
不过其实phylip格式非常简单http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format，完全可以自己写个小程序，或者利 ...

谢谢帮主，不过请问可以单独向您请教一下嘛？我的QQ是2928144084
赞一下 回复此楼
7楼2013-12-20 13:41:53
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