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芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】关于ClusterX多序列比对的问题已有3人参与

我想构建进化树,要先用ClusterX多序列比对生成*PHY的文件,我想问一下,在用ClusterX做多序列比对时,序列是一个一个输入的嘛?我要比对大概300多个!有没有什么方法可以直接全部输入啊!不会要输300多次吧!
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开心就好!
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sai00fuji

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3):鼓励下! 2010-08-31 21:50:10
可以把300个序列信息放到一个fasta文件里
就像这个样
>rats gi|1246093|gb|S80431.1| delta 4-3-ketosteroid 5 beta-reductase=37 kda protein [rats, liver, mRNA Partial, 1003 nt]
AATTCCGCTACAATGAACCTCAGCACTGCAAACCACCACATACCCCTAAATGATGGTAACAGCATTCCGA
>MusmusculusmRna gi|171543884|ref|NM_145364.2| Mus musculus aldo-keto reductase family 1, member D1 (Akr1d1), mRNA
TAGGCACCTTTTCAAATAATGTGCCTCTGCCCTGTTCAGAATCACCCCAGAAGCTTCAGATTCTTCTCTA
CGATGAACCTCAGCGCTGCACACCACCAAATATCCCTAAGTGATGGGAACAACATTCCACTCATTGGGCT
2楼2010-08-31 20:43:05
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njauzx

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
同意二楼意见
3楼2010-08-31 21:41:26
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芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by sai00fuji at 2010-08-31 20:43:05:
可以把300个序列信息放到一个fasta文件里
就像这个样
>rats gi|1246093|gb|S80431.1| delta 4-3-ketosteroid 5 beta-reductase=37 kda protein [rats, liver, mRNA Partial, 1003 nt]
AATTCCGCTACAATGAACCT ...

我记得是不是有个什么DOS命令,可以直接和在一起啊?以前学过!现在忘了!
开心就好!
4楼2010-09-01 13:21:55
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芥末蚕豆

铜虫 (初入文坛)

我知道了!嘿嘿!雪中送炭啊!要不真是点个300下!真要成植物人了!
开心就好!
5楼2010-09-01 13:46:32
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