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yanruoke

银虫 (正式写手)


[交流] 【求助/交流】关于转录因子的binding site 的 疑问

看到文献中转录因子结合启动子的motif以PWM形式给出,下图所示:数个碱基(A T C G)排成一列,我的问题是为什么有的位置的碱基,如 T ,画的很大,并且单独占个位置,而有的位置的 碱基画的很小,并且是两个碱基上下叠起来,占一个位置?此地的物理意义是?

第二个问题是转录因子和对应的binding site 结合时,偶估计了两种方式:第一种是先结合一个base,然后随着转录的发生,向前滑动,渐次结合到这个motif的其他base上,结合的所有base构成下图中的motif。
第二种结合方式是转录因子直接和组成motif的所有base结合。

PS: PWM is short for position weight matrix.
请行内虫友指教,先行谢过



[ Last edited by yanruoke on 2011-4-12 at 12:19 ]
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hunbingshi

新虫 (初入文坛)


yanruoke(金币+1): 2011-04-26 10:11:11
yanruoke(金币+9): thanks a lot 2011-04-26 10:12:13
please refer to : "From DNA sequence to expression patter"
3楼2011-04-25 08:19:06
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medjane

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
为啥没人回答啊啊啊啊啊啊
4楼2016-01-31 22:41:51
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简单回复
2011-04-12 14:52   回复  
yanruoke(金币+1): 2011-04-13 16:27:57
yanruoke(金币+1): 2011-04-19 10:45:53
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