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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 【求助/交流】关于转录因子的binding site 的 疑问
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yanruoke

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】关于转录因子的binding site 的 疑问

看到文献中转录因子结合启动子的motif以PWM形式给出，下图所示：数个碱基（A T C G）排成一列，我的问题是为什么有的位置的碱基，如 T ，画的很大，并且单独占个位置，而有的位置的 碱基画的很小，并且是两个碱基上下叠起来，占一个位置？此地的物理意义是？

第二个问题是转录因子和对应的binding site 结合时，偶估计了两种方式：第一种是先结合一个base,然后随着转录的发生，向前滑动，渐次结合到这个motif的其他base上，结合的所有base构成下图中的motif。
第二种结合方式是转录因子直接和组成motif的所有base结合。

PS： PWM is short for position weight matrix.
请行内虫友指教，先行谢过



[ Last edited by yanruoke on 2011-4-12 at 12:19 ]
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1楼 2011-04-09 16:33:31
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medjane

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
为啥没人回答啊啊啊啊啊啊
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4楼2016-01-31 22:41:51
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hunbingshi

新虫 (初入文坛)
yanruoke(金币+1): 2011-04-26 10:11:11
yanruoke(金币+9): thanks a lot 2011-04-26 10:12:13
please refer to : "From DNA sequence to expression patter"
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3楼2011-04-25 08:19:06
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