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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】关于基因组纯化的问题：异丙醇法
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adslye

银虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】关于基因组纯化的问题：异丙醇法 已有3人参与

英文原文：
1.   Adjust  the  salt  concentration  if  necessary,  for  example,  with  sodium  acetate  (0.3  M,  pH  5.2,  final
concentration) or ammonium acetate (2.0–2.5 M, final concentration).
2.   Add 0.6–0.7 volumes of room-temperature isopropanol to the DNA solution and mix well.
这两步我的操作是：
在0.3  M,  pH  5.2的醋酸钠中加入20ul我的基因组DNA。然后再加入700ul的异丙醇。
然而之后的4'c ，20min离心并没有沉淀。

我想问是不是我理解错了，那个0.3M是包括异丙醇的。

还有基因组纯化用：苯酚，氯仿依次萃取再用醇提的。

请问对于基因组的纯化，两种方法哪种合适？

谢谢！！
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1楼 2010-08-07 20:49:40
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adslye

银虫 (正式写手)
帮个忙。。。。各位。。。。
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2楼2010-08-07 21:07:15
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ben1147

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lmzxcom1(金币+1):谢谢积极交流 2010-08-07 22:23:46
一般是这么操作的
配制3M NaAc（pH 5.2）
向DNA溶液中加入1/10体积的上述NaAc溶液（比如100uLDNA，就加10uL，这样终浓度就近似是0.3M）
然后加入70uL室温异丙醇（0.7倍体积）混匀，静置沉淀

一般来说，如果样品里有蛋白杂质，就要用酚/氯仿，氯仿依次抽提之后再用醇沉淀
醇沉淀的时候可以加入NaAc，低温静置，有利于核酸沉淀
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3楼2010-08-07 21:31:59
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adslye

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-08-07 21:31:59:
一般是这么操作的
配制3M NaAc（pH 5.2）
向DNA溶液中加入1/10体积的上述NaAc溶液（比如100uLDNA，就加10uL，这样终浓度就近似是0.3M）
然后加入70uL室温异丙醇（0.7倍体积）混匀，静置沉淀

一般来说，如果 ...

那异丙醇法除蛋白效果好不？
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4楼2010-08-07 22:14:03
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冼亮淀粉酶

专家顾问 (知名作家)

生物大分子降解酶
异丙醇是有机溶剂，但不是所有有机溶剂都能使蛋白质变性，在我的实验里，异丙醇沉淀后的蛋白质会有40-50%能重新溶解在水里。

这两句话说的是保持溶液里.3  M,  pH  5.2,  final concentration，是最终浓度和pH值。然后加入溶液体积 0.6–0.7 volumes 倍的异丙醇，比如溶液体积是1毫升，异丙醇就加进去600-700微升，总体积大概1.6-1.7毫升。
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流星来时我许了个愿，愿我有吃有喝还有舒服的猪圈。讨厌发帖前不搜索论坛重复发帖和仅把论坛当解决问题工具，久不看论坛一来就提问者，宁弃EPI和VIP也不回帖。
5楼2010-08-08 03:21:04
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by adslye at 2010-08-07 22:14:03:


那异丙醇法除蛋白效果好不？

醇在这里的作用主要是沉淀核酸

要除蛋白还是推荐酚/氯仿，氯仿抽提
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6楼2010-08-08 10:56:16
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adslye

银虫 (正式写手)
哦，知道了，多谢！
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7楼2010-08-08 11:04:53
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