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jocent

木虫 (小有名气)

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[求助] 多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】已有4人参与

我现在需要作7000条毒株的进化树，想用比较快的的PHYML软件，但是这个软件需要格式为.phy的，我就用clustalX转化，结果提示我：

Warning: Truncating sequence names to 10 characters for PHYLIP output

然后我没有管这个问题，但是，得到的.phy文件（abc.phy）就再也打不开(见图)了（clustalX和bioedit都打不开）。而且PHYML也不跑。。。

问题1：有没有较好的把较大的.fas文件转化成.phy的方法。（网上又可以转化的软件，但是7000多条依然不给转化，因为文件太大了）
问题2：对于我这7000多条，有没有比较推荐的建树方法？MEGA, Bioedit，clustalX我都尝试过了，超级无敌慢呐。。。
有没有哪位大神帮助一下？解决一个问题，额外给50金币！谢谢了！

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1楼2013-12-18 14:05:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
jocent: 金币+30, ★★★★★最佳答案, 谢谢哦~可以找您详细咨询吗？ 2013-12-20 09:14:43

看提示，是phylip的序列名只支持10个字母/数字。clustalx打不开可能就是因为不支持。
不过其实phylip格式非常简单http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format，完全可以自己写个小程序，或者利用bioperl弄。
PHYML不跑，是什么意思？有没有错误信息？
clustalw是命令行版的，比clustalx好用，在linux服务器上弄，7000多条应该可以的。