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jocent木虫 (小有名气)
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[求助]
多序列（几千条）进化树求助【解决一个问题，额外给50金币！】 已有4人参与
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我现在需要作7000条毒株的进化树，想用比较快的的PHYML软件，但是这个软件需要格式为.phy的，我就用clustalX转化，结果提示我： Warning: Truncating sequence names to 10 characters for PHYLIP output 然后我没有管这个问题，但是，得到的.phy文件（abc.phy）就再也打不开(见图)了（clustalX和bioedit都打不开）。而且PHYML也不跑。。。 问题1：有没有较好的把较大的.fas文件转化成.phy的方法。（网上又可以转化的软件，但是7000多条依然不给转化，因为文件太大了） 问题2：对于我这7000多条，有没有比较推荐的建树方法？MEGA, Bioedit，clustalX我都尝试过了，超级无敌慢呐。。。 有没有哪位大神帮助一下？解决一个问题，额外给50金币！谢谢了！  1.png  2.png  3.png  5.png |
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银虫 (初入文坛)
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2楼2013-12-18 16:11:59
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看提示，是phylip的序列名只支持10个字母/数字。clustalx打不开可能就是因为不支持。 不过其实phylip格式非常简单http://www.bioperl.org/wiki/PHYLIP_multiple_alignment_format，完全可以自己写个小程序，或者利用bioperl弄。 PHYML不跑，是什么意思？有没有错误信息？ clustalw是命令行版的，比clustalx好用，在linux服务器上弄，7000多条应该可以的。 |
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4楼2013-12-19 07:08:03
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