2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:20:45
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。

3楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-07 15:13:13
噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？...

4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树 ...

5楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-12 09:21:58
嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？ ...

6楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-12 12:49:25
这个我倒是没有注意，但是我觉得是正常的，你加入目的基因后，虽然形态不一样了，但是进化距离应该是一样的啊。关注下那些标注的数字。...