应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 想请教MEGA5.1使用方面的问题
51/1返回列表
查看: 2207  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

[求助] 想请教MEGA5.1使用方面的问题

新手发帖，希望大家多多帮忙。
我对目的基因片段测序后，想用MEGA5.1做系统进化树，基因片段虽然同属于一个目的片段（rpoB片段），但长度参差不齐，可否不剪齐基因片段，直接比对生成系统进化树呢？（我做的是N-J进化树）
希望有知道的可以告诉我，谢谢大家了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-06 19:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树 ...

嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？如何避免呢？
谢谢你：）
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-12 09:21:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Muses_Nie: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 回帖很快，而且精准地回答了我的问题。谢谢！ 2013-05-07 15:27:08
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-05-07 09:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:20:45
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。

噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-07 15:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-07 15:13:13
噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？...

比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-07 16:33:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 10/500 2026-11-13 11:08 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 9/450 2026-11-13 11:02 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +6 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 16:55 by zzy933268
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 13:02 by ECLTXnJnRSXf
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:09 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:14 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:42 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:36 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:14 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 02:23 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭