24小时热门版块排行榜    

查看: 1782  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

[求助] 想请教MEGA5.1使用方面的问题

新手发帖,希望大家多多帮忙。
我对目的基因片段测序后,想用MEGA5.1做系统进化树,基因片段虽然同属于一个目的片段(rpoB片段),但长度参差不齐,可否不剪齐基因片段,直接比对生成系统进化树呢?(我做的是N-J进化树)
希望有知道的可以告诉我,谢谢大家了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后,对不上的地方自然有空缺了,软件根据内部的算法,是保证最大化的对齐,就会有部分地方空缺了。先比对,如果是没有记错应该是点那个“M",然后将两端不齐序列删除,然后选择个模式比如NJ什么的第,建树 ...

嗯,谢谢你。这连续追问有点不地道了,呵呵,但还是想再问一句:就是有的时候,在原有的标准株进化树基础上,加入的自测基因片段序列后(我加入了7个),反而影响了原来只有标准株的进化树的形态,这是怎么回事啊?如何避免呢?
谢谢你:)
5楼2013-05-12 09:21:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

genolab

金虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
Muses_Nie: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 回帖很快,而且精准地回答了我的问题。谢谢! 2013-05-07 15:27:08
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。
2楼2013-05-07 09:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:20:45
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。

噢噢,谢谢你:)
不过在比对后,可能有的序列由于突变,导致序列比对后有些碱基空缺,这样也不影响建树么?
3楼2013-05-07 15:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-07 15:13:13
噢噢,谢谢你:)
不过在比对后,可能有的序列由于突变,导致序列比对后有些碱基空缺,这样也不影响建树么?...

比对后,对不上的地方自然有空缺了,软件根据内部的算法,是保证最大化的对齐,就会有部分地方空缺了。先比对,如果是没有记错应该是点那个“M",然后将两端不齐序列删除,然后选择个模式比如NJ什么的第,建树。
4楼2013-05-07 16:33:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见