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Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

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[求助] 想请教MEGA5.1使用方面的问题

新手发帖，希望大家多多帮忙。
我对目的基因片段测序后，想用MEGA5.1做系统进化树，基因片段虽然同属于一个目的片段（rpoB片段），但长度参差不齐，可否不剪齐基因片段，直接比对生成系统进化树呢？（我做的是N-J进化树）
希望有知道的可以告诉我，谢谢大家了

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1楼 2013-05-06 19:34:42

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Muses_Nie

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引用回帖:

4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树 ...

嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？如何避免呢？
谢谢你：）