应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 想请教MEGA5.1使用方面的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 1867  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)

[求助] 想请教MEGA5.1使用方面的问题

新手发帖，希望大家多多帮忙。
我对目的基因片段测序后，想用MEGA5.1做系统进化树，基因片段虽然同属于一个目的片段（rpoB片段），但长度参差不齐，可否不剪齐基因片段，直接比对生成系统进化树呢？（我做的是N-J进化树）
希望有知道的可以告诉我，谢谢大家了
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-06 19:34:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wubingqi at 2013-05-07 16:33:16
比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树 ...

嗯，谢谢你。这连续追问有点不地道了，呵呵，但还是想再问一句：就是有的时候，在原有的标准株进化树基础上，加入的自测基因片段序列后（我加入了7个），反而影响了原来只有标准株的进化树的形态，这是怎么回事啊？如何避免呢？
谢谢你：）
赞一下 回复此楼
5楼2013-05-12 09:21:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

genolab

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
Muses_Nie: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 回帖很快，而且精准地回答了我的问题。谢谢！ 2013-05-07 15:27:08
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-05-07 09:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Muses_Nie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by genolab at 2013-05-07 09:20:45
必须删除两端的不整齐序列碱基。
否则构建的系统树是不正确的。

噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-07 15:13:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wubingqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Muses_Nie at 2013-05-07 15:13:13
噢噢，谢谢你：）
不过在比对后，可能有的序列由于突变，导致序列比对后有些碱基空缺，这样也不影响建树么？...

比对后，对不上的地方自然有空缺了，软件根据内部的算法，是保证最大化的对齐，就会有部分地方空缺了。先比对，如果是没有记错应该是点那个“M"，然后将两端不齐序列删除，然后选择个模式比如NJ什么的第，建树。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-07 16:33:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +8 秋二十二 2026-03-30 8/400 2026-03-31 12:20 by 唐沐儿
[考研] 0856调剂 +6 曲听筠 2026-03-30 6/300 2026-03-31 09:44 by Jaylen.
[考研] 293分求调剂，外语为俄语 +5 加一一九 2026-03-31 5/250 2026-03-31 09:39 by zhshch
[考研] 0703 化学 求调剂，一志愿山东大学 342 分 +7 Shern—- 2026-03-28 7/350 2026-03-30 16:31 by nothing投稿中
[考研] 0703本科郑州大学求调剂 +7 nhj_ 2026-03-25 7/350 2026-03-30 12:44 by fangnagu
[考研] 求化学调剂 +11 wulanna 2026-03-28 11/550 2026-03-30 10:59 by 探123
[考研] 375求调剂 +6 雨夏整夜 2026-03-29 6/300 2026-03-30 10:21 by herarysara
[考研] 2026年华南师范大学欢迎化学，化工，生物，生医工等专业优秀学子加入！ +3 llss0711 2026-03-28 6/300 2026-03-29 10:26 by llss0711
[考研] 330分求调剂 +5 qzenlc 2026-03-29 5/250 2026-03-29 07:37 by 无际的草原
[考研] 求调剂 +7 争取九点睡 2026-03-28 8/400 2026-03-28 21:07 by 争取九点睡
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +3 AZMK 2026-03-27 5/250 2026-03-28 16:19 by xxxsssccc
[考研] 085602 化工专硕 338分 求调剂 +12 路痴小琪 2026-03-27 12/600 2026-03-28 15:41 by L135790
[考研] 085701环境工程，267求调剂 +16 minht 2026-03-26 16/800 2026-03-28 12:16 by zllcz
[考研] 283求调剂 +7 A child 2026-03-28 7/350 2026-03-28 12:05 by zllcz
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕，求调剂 +5 丶风雪夜归人丶 2026-03-26 8/400 2026-03-27 19:22 by 丶风雪夜归人丶
[考研] 085600，材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 调剂求收留 +7 果然有我 2026-03-26 7/350 2026-03-27 00:26 by wxiongid
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭